⊙기획재정부공고제2019-240호
「조세특례제한법 시행령」을 개정하는 데에 있어, 그 개정이유와 주요내용을 국민에게 미리 알려 이에 대한 의견을 듣기 위하여 행정절차법 제41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.
2020년 1월 6일
기획재정부장관
조세특례제한법 시행령 일부개정령(안) 입법예고
1. 개정이유
투자 활성화를 위하여 안전시설 투자세액공제의 대상시설 및 초연결 네트워크 구축을 위한 시설 투자세액공제의 투자대상 금액의 범위를 확대하고 설비투자자산 가속상각특례 확대조치를 연장하며, 4차산업혁명시대 혁신성장을 지원하기 위하여 신성장·원천기술 연구개발비에 대한 세액공제 대상기술을 확대하고 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상 업종에 전자금융업 등을 추가하는 한편,
취약계층 지원을 위하여 저소득 성인 장애인 가구의 근로·장려금 신청자격을 완화하고, 제조업 경쟁력 강화를 위하여 내국법인이 소재·부품·장비전문기업에 출자하거나 인수하는 경우에 대한 세액공제 대상 및 요건 등 조세특례제한법 개정에 따라 위임된 사항을 규정하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임.
2. 주요내용
가. 투자세액공제 대상인 사업용자산의 범위에서 소득세법 시행령 제67조, 법인세법 시행령 제31조에 따라 즉시상각을 적용받은 자산은 제외함.
나. 창업중소기업에 대한 세액감면 대상에 육상·수상·항공운송업 및 육상·수상·항공 운송지원서비스업을 포함하고, 전자금융거래법 에 따른 전자금융업, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 에 따른 온라인소액투자중개업, 외국환거래법 시행령 에 따른 소액해외송금업을 포함함.
다. 자체연구개발비가 기업부설연구소 등의 인정 취소에 따라 연구개발비에 해당하지 않게 된 경우 공제대상에서 배제하도록 조세특례제한법 제10조제6항이 신설됨에 따라 납세자의 귀책정도를 기준으로 세액공제 배제 사유와 배제 시점을 구분하여 규정함.
라. 둘 이상의 내국법인이 소재·부품·장비 관련 중소·중견기업에 공동으로 출자하는 경우의 과세특례적용을 위한 투자대상기업, 투자대상기업의 의무투자 범위 등을 규정하고, 내국법인이 소재·부품·장비 외국법인을 인수하는 경우의 과세특례 적용을 위한 인수대상 외국법인 요건, 사후관리 기간 등을 규정함.
마. 크라우드 펀딩을 통해 취득한 주식의 양도소득세 비과세 범위를 기술성 우수 평가를 받은 기업, R&D 3천만원 이상 투자 기업 및 기술등급 상위 50% 기업으로 규정하고, 특수관계 없는 기업에 출자하여 해당 주식을 3년 이상 보유한 경우에만 비과세 특례를 허용하도록 규정함.
바. 1월로 규정되어 있는 중소기업창업투자조합 등에의 출자에 대한 소득공제 출자·투자 확인서 제출시기를 2월로 변경함.
사. 거주자가 중소기업창업투자조합 등에 출자한 금액에 대해 소득공제를 받을 때 소득공제 시기를 출자·투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 1과세연도를 선택하여 공제시기를 변경하려는 경우 납세자의 신청 방법을 구체적으로 규정함.
아. 소재 부품 장비 외국인기술자의 범위를 「조세특례제한법 시행령」에 위임하여 이를 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」 제16조에 따른 ‘특화선도기업등’에서 근무하는 사람으로 규정함.
자. 국내로 복귀하는 내국인 우수 인력에 대한 소득세 감면 신설에 따라 감면대상을 자연계·이공계·의학계 분야 박사학위 소지자로서 직전 5개 과세기간 동안 국외에서 거주하고 국외에서 5년 이상 연구개발 경험 등의 요건을 갖춘 사람으로 하고, 감면대상이 되는 국내 취업기관을 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따른 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서 등으로 하는 등 제도 운영에 필요한 사항을 규정함.
차. 안전시설 투자에 대한 세액공제 적용대상으로 액화석유가스 공급·저장시설, 위험물의 제조·저장·취급소, 집단에너지 공급시설 및 송유관의 안전시설을 추가함.
카. 생산성향상시설 투자에 대한 세액공제 적용대상에 데이터에 기반하여 제품의 생산 및 제조과정을 관리하거나 개선하는 지능형 공장시설이 포함됨을 명확히 규정함.
타. 영상콘텐츠 제작비용에 대한 세액공제 적용대상과 관련하여 「조세특례제한법 시행령」에 위임된 적용대상의 범위를 구체화함.
파. 초연결 네트워크 구축을 위한 시설투자 세액공제를 확대 적용하기 위하여 세액공제 대상 투자금액의 범위가 기지국 시설 매입가액으로 제한되지 않고 공사비 등 매입부대비용이 포함되도록 다른시설투자세액공제와 동일하게 규정함.
하. 설비투자자산 감가상각비 손금산입특례 중 2019년 7월 3일부터 2019년 12월 31일까지 한시적으로 확대 적용된 혁신성장투자자산의 범위와 중소·중견기업의 상각률(100분의 75)을 해당 특례 종료기간까지 연장하여 적용함.
거. 경력단절 여성을 고용한 기업에 대한 세액공제 요건과 관련하여 「조세특례제한법 시행령」에 위임된 결혼 및 자녀교육의 범위, 동일한 업종의 기준을 규정함.
너. 청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 사후관리 위반시 추가 납부하는 세액을 계산할 때 청년의 기준을 공제받은 과세연도 종료일에서 공제받은 과세연도로 변경함.
더. 고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제 사후관리 위반시 추가납부하는 세액의 계산방법을 사후관리 기간에 따라 구분하여 규정하고, 청년 및 장애인 상시근로자 수가 전체 상시근로자 수보다 크게 감소하는 경우 청년 및 장애인 상시근로자에 해당하여 추가로 공제받은 금액을 납부하도록 규정함.
러. 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 대상 업종에 창작 및 예술관련 서비스업, 도서관, 사적지 및 유사 여가관련 서비스업, 스포츠 서비스업 등의 서비스 업종을 추가함.
머. 상시근로자 증가 인원에 대한 사회보험료 세액공제 적용을 위하여 상시근로자 수 계산 시 해당 과세연도를 기준으로 하고, 공제대상이 되는 사회보험료 상당액에서 국가 등이 지급한 보조금·감면액을 제외하도록 규정함.
버. 가업승계 증여세 특례의 업종변경 범위를 소분류에서 중분류 내로 확대하고 전문가 심의를 거쳐 중분류 외의 업종으로도 변경할 수 있도록 하며, 2인 이상이 승계한 경우 각 가업승계자에 대한 세액 계산 방법을 규정하고, 피상속인이 생전에 가업승계에 따라 주식 전부를 증여한 경우에도 향후 가업상속공제를 적용받을 수 있도록 함.
서. 주식의 현물출자 등에 의한 지주회사 설립 등에 대한 과세특례가 과세이연 방식에서 거치·분할납부 방식으로 조정됨에 따른 과세처리방식 변경사항을 규정함.
어. 법인 본사의 수도권 밖 이전에 대한 법인세 감면 적용을 위하여 상시 근무인원을 계산할 때 상시근무하는 사용자·임원 및 상시근로자를 기준으로 하도록 규정함.
저. 농업인 등이 농지 등을 현물출자 시 감면되는 양도소득세는 현물출자한 자산에 담보된 채무 중 법인이 인수하는 채무가액에 상당하는 소득을 제외한 것임을 명확히 하며, 감면대상에서 배제되는 소득에 대한 계산방식을 구체적으로 규정함.
처. 영어조합법인의 어로어업소득에 대한 법인세 면제 범위를 확대함.
커. 자경농지에 대한 양도소득세 감면 시 복식부기 의무자 수입금액 기준 이상의 수입금액이 있는 경우 해당 과세기간은 자경기간에서 제외함.
터. 농지대토를 위하여 신규농지를 취득 시 상속ㆍ증여에 의한 취득은 제외하는 것으로 명확히 규정함.
퍼. 거주자가 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 대토보상 받는 부분에 대해서는 양도소득세 감면율을 현행 15%에서 40%로 인상하고, 대토보상권을 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 만기보유특약 없는 채권보상 수준으로 감면율을 조정함.
허. 사회적기업 및 장애인 표준사업장에 대한 소득세·법인세 감면제도에 감면한도를 신설함에 따라 「조세특례제한법 시행령」에 위임된 상시근로자의 범위 및 상시근로자 수 계산방법 등을 규정함.
고. 공모부동산집합투자기구의 집합투자증권에 대한 배당소득 과세특례 신청절차, 중도해지시 감면세액 추징예외사유 및 재간접펀드의 일시적 자산운용대상 등을 규정함.
노. 비과세종합저축 가입요건 중 금융소득 종합과세여부를 검증하기 위하여 가입요건 확인 및 이의제기 절차를 규정함.
도. 소형주택 임대사업자 세액감면에서 임대보증금 또는 임대료의 증가율 요건을 보완하는 한편, 임대사업자가 임대주택 유형을 변경하거나 임대주택 수를 변경하는 경우 세액감면 계산방법 등을 규정함.
로. 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용받기 위하여 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본을 제출하던 것을 주민등록 전입세대열람 내역 제출로 갈음할 수 있도록 함.
모. 장기일반민간임대주택 등의 임대기간 계산특례와 관련하여 재개발·재건축 사업과 마찬가지로 「주택법」상 리모델링의 경우도 허가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지 임대한 것으로 봄.
보. 장기일반민간임대주택 등의 임대기간 계산특례와 관련하여 「민간임대주택에 관한 특별법」의 개정사항을 반영하여 임대료 및 임대보증금의 증가율 한도를 기존의 연 5%에서 5%로 변경하고, 임대차계약 또는 약정한 임대료의 증액이 있은 후 1년 이내에는 증액하지 못하도록 하며, 임대료 전환에 대하여는 「민간임대주택에 관한 특별법」의 규정을 준용함.
소. 영세개인사업자 체납액 징수특례의 적용대상자의 요건 중 3개월 이상 근무 요건을 근로소득을 지급하는 원천징수의무자의 변경이 없는 상태에서 근무하는 것으로 규정하고, 「조세특례제한법 시행령」에 위임된 징수곤란 체납액 산정 방식 및 체납액 징수특례를 적용받기 위한 신청절차를 규정함.
오. 근로·자녀장려금과 관련하여 거주자와 동일한 주소 또는 거소에 거주하거나, 질병 등으로 일시퇴거한 장애인 부양자녀인 경우에만 연령요건을 적용하지 않도록 하고, 금융재산의 개인별 합계금액이 5백만 원 미만인 경우 재산가액에서 제외하는 규정을 삭제하며, 근로ㆍ자녀장려금 환급시 신청자의 신청금액과 납세지 관할 세무서장의 결정금액이 같은 경우 근로ㆍ자녀장려금결정통지서를 국세환급금통지서로 갈음할 수 있도록 하고, 하반기 근로장려금 심사 시 추정한 연간 근로장려금이 이미 환급한 상반기 근로장려금이하인 경우 하반기 근로장려금 환급을 유보하는 규정을 신설하며, 반기 근로장려금 환수 시 해당 소득세 과세기간의 자녀장려금 및 향후 5개 과세기간의 근로ㆍ자녀장려금에서 순서대로 차감 후 환수 금액이 남은 경우 소득세 납부 고지를 하여 환수하도록 하는 규정을 신설함.
조. 우수 선화주 인증을 받은 국제물류주선업자에 대한 과세특례 적용을 위하여 세액공제 대상 요건, 세액공제 신청방법 등을 규정함.
초. 부가가치세 영세율이 적용되는 장애인용품을 장애인·노인등을 위한 보조기기 지원 및 활용촉진에 관한 법률 에 따른 장애인보장기기 분류체계를 반영하여 현행화하고, 세부 품목은 시행규칙에 위임하고자 함.
코. 시내버스 운수종사자에 위탁형태로 제공되는 음식용역 면제와 관련하여 「조세특례제한법 시행령」에 위임된 위탁계약을 통해 공급하는 음식용역의 요건 등을 규정함.
토. 「조세특례제한법 시행령」에 위임된 일반택시 운송사업자 부가가치세 경감세액 미지급관련 이자상당액을 10만분의 25로 규정함.
포. 외국인관광객 부가가치세 환급특례가 적용되는 관광호텔 및 의료기관이 부가가치세 신고 시 관련용역 공급확인서 및 환급증명서 대신 환급실적명세서를 제출하도록 함.
호. 군 직영 매점에서 면세주류를 구입할 수 있는 대상자의 요건이 되는 근거 조항 변경 사항을 반영함.
구. 국가식품클러스터 입주기업에 대한 법인세 등 감면제도를 신설함에 따라 「조세특례제한법 시행령」에 위임된 감면대상사업의 범위를 규정함.
누. 성실사업자등에 대한 의료비등 세액공제의 적용과 관련하여 사업장 면적이 50% 이상 증가하거나 한국표준산업분류상 다른 대분류 업종으로 변경 또는 추가하여 수입금액이 증가하는 경우에도 성실사업자등에 대한 의료비등 세액공제를 받을 수 있도록 함.
두. 해당 연도에 적용기한이 종료되는 사항으로서 최근 평가를 거쳤음을 이유로 하여 조세특례 의무심층평가의 면제가 가능한 기간을 현행 3년에서 2년으로 축소함.
루. 「조세특례제한법」 제104조의18에 따른 대학맞춤형 교육비용 등에 대한 세액공제가 적용 종료됨에 따라 대학과의 계약등을 통해 설치한 계약학과의 운영비 및 마이스터고 재학생의 현장훈련수당을 인력개발비에 포함하여 연구·인력개발비 세액공제를 지속 적용함.
무. 신성장·원천기술 분야의 연구개발 활성화를 위하여 첨단 소재·부품·장비 분야를 신설하고 대상기술을 확대·추가함.
3. 의견제출
이 개정안에 대해 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2020년 1월 28일까지 국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 기획재정부(참조：조세특례제도과, 전화 (044)215-4131, 4136 팩스 (044)215-8063, 이메일 junpark@korea.kr)에 제출하여 주시기 바랍니다.
가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)
나. 성명(기관ㆍ단체의 경우 기관ㆍ단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호
다. 그 밖의 참고 사항 등
※ 제출의견 보내실 곳
- 일반우편 : 세종특별자치시 갈매로 477 정부세종청사 기획재정부 조세특례제도과
- 전자우편 : junpark@korea.kr
- 팩스 : 044-215-8063
4. 그 밖의 사항
개정안에 대한 자세한 사항은 기획재정부 조세특례제도과(전화 044-215-4136, 팩스 044-215-8063)로 문의하여 주시기 바랍니다.
