⊙기획재정부공고제2019-17호
「조세특례제한법 시행령」을 개정하는 데에 있어, 그 개정이유와 주요내용을 국민에게 미리 알려 이에 대한 의견을 듣기 위하여 행정절차법 제41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.
2019년 1월 8일
기획재정부장관
조세특례제한법 시행령 일부개정령(안) 입법예고
1. 개정이유
연구 인력개발비의 범위 및 신성장동력 원천기술 분야별 대상기술을 조정하고, 초연결 네트워크 투자에 대한 세액공제 대상 및 공제율 계산방법 등 조세특례제한법 개정에 따라 위임된 사항을 규정하며, 성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제 대상이 되는 근로자 및 성과급의 범위를 규정하고, 월세세액공제 대상을 국민주택규모 이하 주택에서 국민주택규모 이하이거나 기준시가 3억원 이하인 주택으로 확대하며, 부가가치세 면세대상 희귀의약품의 범위를 조정하고, 입국장 면세점 내국물품 공급절차와 부정유출자에 대한 감면세액의 징수 절차를마련하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부미비점을 개선·보완하려는 것임.
2. 주요내용
가. 「조세특례제한법」에서 고용위기지역 등에 대한 중소기업 등의 투자세액공제 공제율을 인상함에 따라 고용위기지역의 범위를 「고용정책기본법 시행령」 제29조에 따라 고용노동부장관이 고용위기지역으로 지정한 지역으로 규정함.
나. 연구소 또는 연구 전담부서에서 사용하는 서체 음원 이미지 등의 대여 구입비와 산업디자인 분야의 위탁 공동연구개발비를 연구 인력개발비 세액공제 대상으로 추가하고, 연구 인력개발비 세액공제 대상인 고유디자인 개발비용의 범위를 합리화하며, 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트의 작성 보관 제출 의무를 규정함.
다. 일반 연구개발과 신성장동력·원천기술 연구개발에 공통으로 사용되는 재료비 등의 경우 일반연구개발비와 신성장동력·원천기술 연구개발비로 안분계산할 수 있도록 하고, 신성장동력 원천기술의 분야별 대상 기술을 확대함.
라. 신성장동력 원천기술심의위원회의 심의 대상을 신성장동력 원천기술 여부로 한정하고, 동 위원회를 산업통상자원부장관 소속에서 기획재정부장관 소속으로 변경하며, 연구 인력개발비와 관련된 사항을 심의하기 위한 연구 인력개발비심의위원회를 국세청장 소속으로 둘 수 있도록 함.
마. 연구개발특구 등 지역특구 입주기업 등 세액감면 적용을 위해 「조세특례제한법 시행령」에 위임된 상시근로자 및 청년상시근로자의 범위, 상시근로자 및 청년상시근로자의 계산방법 등을 규정함.
바. 벤처기업투자신탁 중 공모펀드의 경우 벤처기업 신주에 의무적으로 투자해야 하는 비율의 준수시점을 신탁설정일로부터 6개월에서 9개월로 연장함.
사. 성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제 적용을 위해 「조세특례제한법 시행령」에 위임된 상시근로자의 범위, 공제대상 경영성과급의 범위 및 공제신청 방법 등을 규정함.
아. 「화재예방, 소방시설의 설치·유지 및 안전관리에 관한 법률」에 따라 강화된 기준을 소급 적용받아 설치되는 소방시설을 안전시설 투자세액공제 대상으로 추가함.
자. 설비투자 감가상각비 특례의 적용대상이 되는 자산을 중소·중견기업의 경우 사업용 고정자산, 그 외 기업의 경우에는 R&D설비투자자산 및 신성장기술 사업화시설 투자자산으로 규정함.
차. 경력단절 여성 재고용 기업 등에 대한 세액공제 적용을 위해 「조세특례제한법 시행령」에 위임된 공제대상 인건비의 범위 및 적용대상에서 제외되는 특수관계인의 범위 등을 규정함.
카. 고용증대세제 적용시 우대되는 근로자의 범위에 5·18민주화운동 부상자와 고엽제후유의증환자로서 장애등급 판정을 받은 사람을 추가함.
타. 벤처기업투자신탁 투자자에게 추징사유가 발생한 경우 해당 신탁을 취급하는 금융기관이 투자회수액의 3.5%를 직접 추징하여 관할 세무서장에게 납부하도록 함.
파. 주식매각 후 벤처기업등 재투자에 대한 과세특례 요건 중 재투자기한을 양도소득세 예정신고기한 종료일로부터 6개월에서 1년으로 연장함.
하. 농업회사법인의 법인세 감면 대상 소득의 범위를 농업 관련 법령에 따른 소득으로 명확화하고, 농업인 출자비율이 낮은 법인의 농업생산과 관계 없는 업종 소득을 감면 대상에서 제외함.
거. 청년우대형주택청약종합저축 이자소득 비과세 제도의 가입대상인 청년의 연령 범위를 19세부터 34세까지로 규정하고, 계약 만료일 전 해지·인출 시에도 감면받은 세액을 추징하지 않는 부득이한 중도해지 사유를 규정함.
너. 「우리사주 배당비과세 및 원천징수세액 환급명세서」를 「우리사주 인출 및 과세명세서」의 경우와 같이 비과세일이 속하는 사업연도의 다음 해 2월말까지 제출하도록 함.
더. 전자적 투자조언장치를 사용하는 경우 투자중개업 인가를 받지 않았더라도 투자일임업 인가만 받으면 개인종합자산관리계좌를 취급할 수 있도록 함.
러. 장병내일준비적금 이자소득 비과세 제도의 가입대상을 현역병, 상근예비역, 사회복무요원, 전환복무요원으로 규정함.
머. 월세세액공제 대상 주택을 국민주택규모(85㎡) 이하 주택 뿐 아니라 국민주택규모 초과 주택중 기준시가 3억원 이하 주택도 포함되도록 확대함.
버. 「민간임대주택법」상 임대료 증액 제한 요건을 준수하지 않는 경우 소형주택 임대사업자 세액감면 대상에서 배제하도록 규정함.
서. 부동산임대수입금액이 7,500만원 이하인 내국인이 상가건물을 동일인에게 5년을 초과하여 계속 임대하는 경우 5%의 세액감면을 적용받기 위한 임대료 인상률 요건을 연 3% 이내로 규정함.
어. 양도소득세 감면 대상 장기일반민간임대주택등이 재개발·재건축되는 경우 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공후 6개월까지의 기간은 계속하여 임대한 것으로 하되, 실제 임대한 기간만 임대기간에 산입하도록 하고, 단기임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 등록한 경우 최대 4년의 범위내에서 기존 임대기간을 장기일반민간임대주택등의 임대기간에 포함하도록 규정함.
저. 임대주택 부동산투자회사 현물출자 과세특례에 대한 사후관리 위반 시 납부하는 이자상당액을 이연한 소득이 아닌 이연한 법인세액을 기준으로 계산하도록 함.
처. 근로·자녀장려금 재산요건 심사시 고려하는 재산의 범위에 배당소득을 발생시키는 파생결합증권 및 파생결합사채를 포함하고, 임차주택 간주전세금 평가시 기준시가를 활용하도록 규정함.
커. 근로장려금 반기별 신청대상을 구체화하고, 반기별 지급액의 하한을 규정하며, 반기별 신청에 대한 재산의 소유기준일을 해당 소득세 과세기간 종료일이 속하는 과세연도의 직전 연도 6월 1일로 규정함.
터. 근로·자녀장려금의 압류금지 상한액을 연 150만원으로 규정함.
퍼. 투자·상생협력촉진세제 적용시 연결법인의 경우 각 연결법인의 기업소득 합계액이 3천억원을 초과하는 경우 초과분에 대해서는 과세대상 기업소득에서 제외하도록 함.
허. 투자·상생협력촉진세제의 기업소득 계산시 수협은행의 공적자금 상환액은 차감하도록 함.
고. 「소득세법」에 따라 과세표준확정신고 의무가 없는 자의 경우 전자신고 세액공제액을 인하함.
노. 비정형 용혈성 요독증후군 환자의 치료에 사용할 치료제가 부가가치세 면세대상에 포함되도록 면세대상 희귀의약품 범위를 조정함.
도. 연기금의 코스닥 관련 차익거래시 증권거래세가 면제되는 연기금의 차익거래 요건을 우정사업본부의 경우와 동일하게 규정함.
로. 내국물품 공급절차로써 입국장 면세점용으로 공급되는 내국물품은 제조장 출고시점에서 면세반출을 허용하고, 내국물품의 부정구입에 따른 감면세액의 징수절차로써 관할 세무서장이 부정유출행위를 한 자로부터 징수할 수 있도록 규정함.
모. 기업도시개발구역 등의 창업기업 등에 대한 법인세 등 세액감면 요건 중 투자금액기준을 완화하고, 「조세특례제한법」 개정에 따라 추가된 세액감면 요건인 고용인원기준을 규정하며, 세액감면 적용이 제외되는 사유를 명확히 규정함.
보. 문화체육관광부 장관이 정하는 일정 매출 이하의 소규모 도서 공연비 사업자의 매출의 경우 전액을 도서 공연분 매출액으로 보아 신용카드소득공제를 받도록 규정함.
소. 면세점(시내 출국장면세점, 지정면세점, 기내면세점)에서 지출하는 비용은 신용카드 소득공제에서 제외하도록 규정함.
오. 문화접대비 손금산입 특례 적용 대상을 관광공연장 입장권 가격 중 공연물 관람가격으로 한정하던 것을 입장권 전액으로 확대하고, 적용 대상에 취득가액이 1백만원 이하인 미술품의 구입을 추가함.
3. 의견제출
이 개정안에 대해 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2019년 1월 29일까지 국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 기획재정부(참조：조세특례제도과, 전화 (044)215-4131·4136, 팩스 (044)215-8063, 이메일 hhj8402@korea.kr)에 제출하여 주시기 바랍니다.
가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)
나. 성명(기관ㆍ단체의 경우 기관ㆍ단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호
다. 그 밖의 참고 사항 등
※ 제출의견 보내실 곳
- 일반우편 : 세종특별자치시 갈매로 477 정부세종청사 기획재정부 조세특례제도과
- 전자우편 : hhj8402@korea.kr
- 팩스 : 044-215-8063
4. 그 밖의 사항
개정안에 대한 자세한 사항은 기획재정부 조세특례제도과(전화 044-215-4136, 팩스 044-215-8063)로 문의하여 주시기 바랍니다
