⊙재정경제부공고제2026-211호

 

　「조세특례제한법」 일부개정법률안 입법예고을(를) 하는데 있어, 그 이유와 주요내용을 국민에게 미리 알려 이에 대한 의견을 듣기 위하여 "행정절차법" 제 41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.

2026년 8월 4일

부총리겸재정경제부장관

 

 

조세특례제한법 일부개정법률안 입법예고

 

 

1. 개정이유

 

지방주도 성장을 지원하기 위하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제, 통합투자세액공제, 국내생산세액공제, 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 및 고향사랑 기부금에 대한 세액공제 적용 시 수도권 외의 지역에 대한 공제율 등을 우대하고, 지방이전 및 특구입주에 대한 세제지원의 남용을 방지하고 실효성을 제고하기 위하여 추계과세의 경우 특례 적용을 배제하는 등 감면요건 및 사후관리를 강화하면서 감면세액의 일부를 해당 지역에 지출하도록 유도하는 규정을 신설하며, 중소기업의 창업 및 성장을 지원하기 위하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면 적용 시 비수도권을 세분화하여 감면율을 우대하고, 도약창업중소기업, 신산업청년창업중소기업에 대해서도 감면율을 우대하며, 중소기업 특별세액감면과 영상콘텐츠 및 웹툰콘텐츠 제작비용 세액공제 적용 시 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 3년간 지원혜택을 축소하여 적용한 후 종료하는 점감구조를 도입하고, 에너지 안보 강화 및 미래 전력수요 대응을 위하여 국가전략기술 분야 중에서 수소 분야를 미래형 에너지 분야로 확대하며, 연구개발을 지속적으로 지원하기 위하여 연구개발 관련 출연금 등 과세특례를 상시화하고, 과세형평 제고를 위하여 외국인근로자에 대한 특례세율을 상향하는 한편,

 

전략산업에 대한 세제지원을 효율적으로 관리하기 위하여 신성장사업화시설 및 신성장연구개발시설에 대한 통합투자세액공제 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 신설하고, 녹색전환 및 경제안보 지원을 위하여 태양광 발전, 이차전지 등 분야 내에서 녹색전환 및 경제안보 차원의 전략적 중요성이 인정되고 국민경제 전반에 중대한 영향을 미치면서도 국내 생산기반이 취약한 품목을 대상으로 국내 생산 및 판매에 대한 세액공제 제도를 도입하며, 중소ㆍ중견기업의 제3자 사업승계 지원을 위하여 피승계기업의 주식ㆍ출자지분 또는 사업용 자산 양도 시 양도소득세 및 승계기업의 소득세ㆍ법인세를 감면하는 과세특례를 신설하고, 지역 균형발전을 위해 인구감소지역 주택 취득자에 대한 양도소득세 및 종합부동산세 과세특례 적용대상 지역을 확대하며, 생산적 분야에 대한 투자 활성화를 위하여 생산적금융 개인종합자산관리계좌에 대한 과세특례를 신설하고, 일하는 저소득 가구를 지원하기 위하여 근로장려금 총소득기준금액 및 지급액을 인상하며, 비과세ㆍ감면제도를 재정지원 방식으로 전환함에 따라 전기자동차에 대한 개별소비세 감면한도를 현행 300만원에서 2027년 반출되는 경우 200만원, 2028년 반출되는 경우 100만원으로 하향 조정하고, 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제 대상 중 대중교통이용분을 별도 공제율 적용 대상에서 제외하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

 

 

2. 주요내용

 

< 지방주도 성장을 위한 조세특례 >

 

가. 우대지역 정의를 신설하여, 조세감면을 적용할 때 다른 지역보다 우대할 필요가 있는 지역으로서 인구감소로 인한 지역 소멸 가능성 및 경제ㆍ사회여건 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 지역으로 규정함.

 

나. 연구ㆍ인력개발비 세액공제, 통합투자세액공제 및 국내생산세액공제 적용 시 수도권 외의 지역을 세분화하고, 이에 대하여 수도권에 대한 공제율에 지역별 계수를 곱한 공제율을 적용하여 지방을 우대하며, 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 및 고향사랑 기부금에 대한 세액공제 적용 시 수도권 외의 지역에 대한 감면율 및 공제율을 수도권 대비 상향함.

 

다. 지방이전 및 특구입주에 대한 세액감면 등 특례 적용 시 추계과세 납세자에 대하여 특례 적용을 배제하는 등 감면요건 및 사후관리를 강화하고, 해당 지역 내의 투자누계액 및 상시근로자 수에 비례한 감면한도가 적용되는 특례의 범위를 확대하며, 감면세액의 30% 이상을 해당 지역에 환류하도록 하고 이에 미달하는 경우 감면세액을 추징하는 규정을 신설함.

 

< 중소기업에 대한 조세특례 >

 

라. 창업중소기업에 대한 세액감면 적용 시 수도권 외의 지역을 세분화하고 이에 대한 감면율을 상향하며, 도약창업중소기업 및 신산업청년창업중소기업에 대한 감면율을 우대함.

 

마. 중소기업 특별세액감면 적용 시 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 3년간 중기업 감면율의 50%에 해당하는 감면율을 적용하고, 업력 10년 이상 및 종합소득금액 1억원 이하 성실사업자에 대한 감면율 우대 규정을 삭제함.

 

바. 영상콘텐츠 및 웹툰콘텐츠 제작비용 세액공제 적용 시 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 3년간 12.5%의 공제율을 적용함.

 

< 연구 및 인력개발에 대한 조세특례 >

 

사. 국가전략기술 분야 중에서 수소 분야를 미래형 에너지 분야로 확대함.

 

아. 연구개발 관련 출연금 등의 과세특례의 적용기한을 삭제하여 상시화함.

 

자. 중소기업 및 중견기업의 특허권 등 이전 및 대여에 대한 과세특례의 적용기한을 2027년 12월 31일까지로 1년 연장함.

 

차. 벤처투자회사 등이 벤처기업 등에 출자하여 취득한 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여 법인세를 비과세하는 과세특례를 상시화하고, 특례 적용대상이 되는 벤처기업 등에의 투자 방법 중 유상증자 증자대금 납입, 잉여금의 자본전입, 채무의 자본 전환 기한을 기업 설립 후 7년 이내에서 10년 이내로 확대함.

 

카. 내국법인이 인구감소지역 또는 수도권 밖의 지역으로서 인구감소관심지역에 본점 또는 주사무소가 소재하는 벤처기업 등에 출자하는 경우에 적용하는 세액공제율을 출자금의 5%에서 7%로 상향함.

 

타. 창업기업 등에의 출자에 대한 과세특례의 적용기한 규정을 삭제함.

 

파. 벤처기업 출자자의 제2차 납세의무 특례제도를 종료함.

 

하. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례 적용 배제 여부를 판단할 때 과세특례를 신청한 날이 속하는 과세기간을 기준으로 계산된 전체 행사가액을 적용하도록 함.

 

거. 외국인기술자에 대한 소득세 감면의 적용기한을 2026년 12월 31일에서 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

너. 외국인근로자에 대한 과세특례로서 「소득세법」상 세율 대신 적용되는 별도의 세율을 현행 100분의 19에서 100분의 21로 상향함.

 

더. 반도체 소재ㆍ부품ㆍ장비 실증 테스트베드를 운영하는 비영리법인이 증여받은 재산 또는 이익에 대해 증여세를 비과세하도록 함.

 

< 국제자본거래에 대한 조세특례 >

 

러. 공공차관 도입 시 공공차관협약에 따른 대주(貸主)의 조세와 차관 자금에 기반한 인프라 사업 등에 기술ㆍ용역을 제공하는 외국인의 소득세 또는 법인세를 감면하는 규정을 삭제함.

 

< 투자촉진을 위한 조세특례 >

 

머. 신성장사업화시설 및 신성장연구개발시설에 대한 통합투자세액공제의 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 규정함.

 

버. 중소기업이 취득한 안전시설 관련 사업용 유형자산에 대해 내용연수를 단축할 수 있도록 감가상각비 손금산입 특례를 적용하도록 함.

 

< 국내생산촉진을 위한 조세특례 >

 

서. 녹색전환 및 경제안보 차원의 전략적 중요성 등 요건을 충족하는 태양광 발전, 풍력발전 등 분야 내 품목이 국내에서 생산되고 판매되는 경우 생산비용 및 판매량 등을 기초로 산정된 공제액을 해당 판매가 이루어진 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 함.

 

어. 법 시행 전 통합투자세액공제를 적용받은 경우 국내생산세액공제 적용을 위해 해당 통합투자세액공제를 취소하는 수정신고를 할 수 있도록 하고 이에 따른 가산세를 면제함.

 

< 고용지원을 위한 조세특례 >

 

저. 성과보상기금의 공제사업에 3년 이상 가입하여 공제금을 수령한 자에 대한 소득세 감면 적용 대상을 중소기업 근로자로 한정함.

 

처. 통합고용세액공제의 대상기업에서 대기업을 제외하고, 육아휴직복귀자에 대한 추가공제의 적용기한을 종료함.

 

< 기업구조조정을 위한 조세특례 >

 

커. 가업의 승계에 대한 증여세 과세특례의 적용대상, 요건 및 적용방식 등을 가업상속공제 제도를 준용하거나 동일한 수준으로 조정함.

 

터. 중소ㆍ중견기업의 제3자 사업승계 활성화를 지원하기 위해 피승계기업의 주식ㆍ출자지분 또는 사업용 자산 양도 시 양도소득세를 20% 감면하고, 승계기업에 대해서는 사업승계일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 그 다음 4개 과세연도까지 승계받은 사업장에서 발생한 소득에 대해 소득세 또는 법인세를 10% 감면하도록 함.

 

퍼. 주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대해 현행 지주회사 주식 처분 시까지 과세이연하는 제도의 유예기간을 2028년 12월 31일까지로 2년간 연장하고, 2027년 시행예정인 4년 거치 3년 분할납부 제도는 2029년 1월 1일부터 2031년 12월 31일까지 적용하도록 함.

 

허. 「기업구조조정 촉진법」에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 등 재무구조개선계획에 따라 금융채무 상환을 위해 자산을 양도하는 경우, 법인 주주가 자산을 증여하는 경우 또는 금융기관이 채무를 면제하는 경우에 대한 과세특례 적용기한을 2026년 12월 31일에서 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

< 금융기관 구조조정을 위한 조세특례 >

 

고. 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」에 따른 적기시정조치 중 계약이전 명령ㆍ결정에 따라 부실금융기관의 자산ㆍ부채를 인수하면서 순부채액만큼을 예금보험공사로 보전받은 경우, 해당 금액을 손금에 산입하는 과세특례의 적용기한을 2026년 12월 31일에서 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

< 지역 간의 균형발전을 위한 조세특례 >

 

노. 공공기관이 혁신도시 등으로 이전하는 경우 종전 부동산 양도차익에 대해 해당 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 익금에 산입하는 과세특례 적용기한을 2026년 12월 31일에서 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

도. 영농ㆍ영어조합법인 및 농업회사법인 등에 대한 법인세ㆍ배당소득세ㆍ양도소득세 과세특례를 상시 제도로 전환하고, 어업법인에 어업용토지 등 현물출자 시 세액감면 하던 것을 이월과세 방식으로 변경함.

 

로. 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 3년 이상 직접 경작하고 한국농어촌공사 또는 농업법인에 양도하는 경우 양도소득세 감면의 적용기한을 2027년 12월 31일까지로 1년 연장함.

 

모. 8년 이상 직접 축산에 사용한 축사용지 및 8년 이상 직접 어업에 사용한 어업용 토지등에 대한 양도소득세 감면의 적용기한(2028년 12월 31일)을 폐지하여 상시 제도로 전환함.

 

보. 경영회생 지원을 위한 농지 매매 등에 대한 양도소득세 과세특례의 적용기한(2029년 12월 31일)을 신설함.

 

소. 인구감소지역 주택 취득자에 대한 양도소득세 및 종합부동산세 과세특례 적용대상 지역을 인구감소지역 및 인구감소관심지역에 해당하지 않는 수도권 밖의 지역으로 확대하고, 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

오. 65세 이상 1세대 1주택자가 수도권지역 소재 주택을 2027년 1월 1일부터 2028년 12월 31일까지 양도하고 수도권 밖으로 이주하는 경우 양도소득세를 감면하는 특례를 신설함.

 

< 공익사업지원을 위한 조세특례 >

 

조. 활용 실적이 미진한 기부장려금 제도를 폐지함.

 

초. 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 2년 연장함.

 

코. 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 2년 연장함.

 

토. 공익사업을 위한 수용 등에 따른 공장 및 물류시설 이전에 대한 과세특례의 적용기한(2026년 12월 31일)을 폐지하여 상시 제도로 전환하고, 적용대상을 내국법인으로 한정함.

 

< 저축 지원을 위한 조세특례 >

 

포. 주택청약종합저축 등에 대한 소득공제를 상시화하고, 청년우대형 주택청약종합저축 이자소득 비과세 제도의 적용기한을 2026년 12월 31일까지로 함.

 

호. 농어가목돈마련저축 이자소득 비과세 제도의 적용기한을 2026년 12월 31일까지로 함.

 

구. 공모부동산집합투자기구 배당소득 과세특례에 대한 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장하되, 국외 부동산에 투자하는 공모부동산집합투자기구를 특례 대상에서 제외하고 과세특례 적용방법을 신청방식에서 전용계좌 방식으로 전환함.

 

누. 개인종합자산관리계좌의 계약기간을 최대 5년으로 하고, 연간 납입한도를 2천만원으로 하는 한편, 제도의 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 설정함.

 

두. 장병내일준비적금 이자소득 비과세 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

루. 국내주식 등에 투자하는 생산적금융 개인종합자산관리계좌를 신설하고, 계좌 내에서 발생하는 이자소득 및 배당소득 비과세, 일정 소득 이하 청년에 대해 납입금 소득공제 등 과세특례를 부여함.

 

무. 기업성장집합투자기구에 투자하는 경우 2029년 12월 31일까지 발생하는 배당소득에 대해 9% 저율 분리과세하는 특례를 신설함.

 

< 국민생활의 안정을 위한 조세특례 >

 

부. 월세액 세액공제의 공제한도를 현행 1,000만원에서 1,200만원으로 확대하고, 2027년 1월 1일부터 2029년 12월 31일까지 청년이 지급하는 월세액에 대해 100분의 17의 공제율을 적용함.

 

수. 소형주택 임대사업자에 대한 세액감면 시 임대주택을 1호 임대하는 경우에 대한 감면율 우대(100분의 30, 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택등의 경우에는 100분의 75)를 삭제하여 임대주택을 2호 이상 임대하는 경우의 감면율(100분의 20, 장기일반민간임대주택등의 경우에는 100분의 50)과 통일함.

 

우. 현재 양도기한 제한 없이 운영 중인 장기임대주택, 신축임대주택 및 미분양주택에 대한 양도소득세 감면 등 과세특례에 대해 2031년 12월 31일까지(수도권 소재 아파트의 경우에는 2029년 12월 31일까지) 해당 주택을 양도하는 경우에 한하여 과세특례를 적용함.

 

주. 장기임대주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용대상에서 비거주자를 제외함.

 

추. 공공매입임대주택 건설을 목적으로 주택건설사업자에게 양도하는 토지에 대한 양도소득세 감면율을 100분의 10에서 100분의 15로 상향하고, 양도소득세 감면 종합한도(1년간 2억원, 5년간 3억원)를 적용하며, 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 1년 연장함.

 

쿠. 조정대상지역 내 매입임대아파트를 일정 기간 중에 양도하는 경우에는 다주택자 중과세율 및 법인에 대한 추가과세 세율을 완화하여 적용(개인의 경우 2주택자 100분의 10 및 3주택 이상자 100분의 15, 법인의 경우 100분의 10)하고, 해당 주택에 대한 장기보유 특별공제율 우대를 100분의 30으로 축소하며, 해당 기간 경과 후 양도하는 경우에는 장기보유 특별공제율 우대 적용을 배제함.

 

투. 공공주택 현물보상분양권을 1개 보유한 1세대에 대해 조합원입주권에 준하는 수준으로 1세대 1주택 비과세 및 장기보유 특별공제 우대를 적용함.

 

푸. 비거주자가 2009년 3월 16일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 취득한 주택에 대한 양도소득세 과세특례를 2028년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 적용함.

 

후. 수도권 밖의 지역에 있는 준공후미분양주택 취득자에 대한 양도소득세 및 종합부동산세 과세특례의 적용기한을 2027년 12월 31일까지로 1년 연장함.

 

그. 재기중소기업인에 대한 소득세, 법인세, 부가가치세 및 이에 부가되는 세목의 체납액 강제징수에 따른 재산의 압류 및 매각 유예 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

느. 재기중소기업인에 대한 소득세, 법인세, 부가가치세 및 이에 부가되는 세목에 대한 납부고지 유예, 지정납부기한 등의 연장 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

< 근로 장려를 위한 조세특례 >

 

드. 근로장려금 총소득기준금액을 단독 가구는 2,200만원에서 2,600만원으로, 홑벌이 가구는 3,200만원에서 3,700만원으로, 맞벌이 가구는 4,400만원에서 5,200만원으로 각각 인상함.

 

르. 근로장려금 최대지급액을 단독 가구는 165만원에서 180만원으로, 홑벌이 가구는 285만원에서 310만원으로, 맞벌이 가구는 330만원에서 360만원으로 각각 인상함.

 

< 투자ㆍ배당 및 상생협력 촉진을 위한 조세특례 >

 

므. 「기업 활력 제고를 위한 특별법」에 따라 공급안정을 위해 사업재편을 추진하는 석유화학기업에 대해 사업재편 종료 후 2개 사업연도까지 투자ㆍ배당 및 상생협력 촉진세율을 10%로 함.

 

< 그 밖의 직접국세 특례 >

 

브. 전자고지 세액공제 특례제도(1,000원/건)를 종료함.

 

스. 신용회복목적회사가 손실보전준비금 계상 시 손금으로 인정하는 특례를 상시화함.

 

으. 해외자원개발투자에 대한 과세특례의 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

즈. 내항 관련 우수 선화주기업 인증을 받은 화주 기업이 내항화물운송사업자와 3년 이상 장기계약을 체결하고 지출한 운송비용에 대해 100분의 1을 세액공제함.

 

츠. 주택건설사업자가 주택 건설용으로 취득하여 5년간 합산배제되는 토지 범위에 별도합산과세대상 토지를 추가함.

 

크. 용역제공자에 관한 과세자료의 제출에 대한 세액공제 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

< 간접국세에 대한 조세특례 >

 

트. 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역에 대한 부가가치세 영세율 적용을 상시화함.

 

프. 공장ㆍ광산ㆍ건설사업현장 종업원, 학생 등에 공급하는 음식용역에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

흐. 영농ㆍ영어조합법인, 농ㆍ어업회사법인이 공급하는 농ㆍ어업 경영 및 농ㆍ어업 작업 대행 용역에 대한 부가가치세 면제 적용을 상시화함.

 

기. 한국사학진흥재단이 설립한 특수목적법인 등이 건설한 기숙사에 대한 시설관리운영권 및 그 기숙사를 이용하여 제공하는 용역에 대한 부가가치세 면제 적용을 상시화하고, 한국장학재단이 건설한 기숙사에 대해 부가가치세 면제 특례를 신설함.

 

니. 전기자동차 또는 수소전기자동차인 시내버스, 농어촌버스 및 마을버스 운송사업용 버스에 대한 부가가치세 면제 적용기한을 당초 2028년 12월 31일에서 2026년 12월 31일까지로 단축함.

 

디. 농민 또는 임업에 종사하는 자가 직접 수입하는 농업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재와 어민이 직접 수입하는 어업용 기자재 수입 시 부가가치세 면제를 상시화함.

 

리. 2027충청권하계세계대학경기대회조직위원회 또는 지방자치단체가 대회 경기시설 제작ㆍ건설 등에 사용하기 위해 수입하는 물품으로서 국내 제작이 곤란한 것에 대해 부가가치세를 면제함.

 

미. 농ㆍ임ㆍ어업용 석유류에 대한 부가가치세, 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 및 자동차세의 면제를 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

비. 일반택시 운송사업자에 대한 부가가치세 경감세액 중 감차보상 재원에 관한 경감을 종료하여 경감률을 당초 100분의 99에서 100분의 94로 축소하고 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

시. 외국인 관광객 숙박용역에 대한 부가가치세 환급 특례 적용기한을 당초 2028년 12월 31일에서 2027년 6월 30일까지로 단축함.

 

이. 창업중소기업이 해당 사업과 관련하여 작성하는 융자 관련 서류에 대해 창업중소기업은 인지세 100%를 면제하고, 금융기관은 인지세 50%를 감면하며, 조세특례 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 연장함.

 

지. 전기자동차에 대한 개별소비세 감면 특례의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 2년 연장하는 한편, 개별소비세 감면 한도를 현행 300만원에서 2027년 반출되는 경우 200만원, 2028년 반출되는 경우 100만원으로 하향 조정함.

 

치. 수소전기자동차에 대한 개별소비세 감면 특례의 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 2년 연장하는 한편, 개별소비세 감면 한도를 현행 400만원에서 2027년 반출되는 경우 300만원, 2028년 반출되는 경우 150만원으로 하향 조정함.

 

키. 경형자동차에 사용되는 연료에 대한 개별소비세 환급특례의 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장하는 한편, 경형자동차 소유주 및 주민등록표상 동거가족의 자동차 소유 대수 등을 고려하여 조세특례 적용 대상을 결정할 수 있도록 함.

 

티. 택시에 사용되는 부탄에 대한 개별소비세 등의 감면 특례의 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

피. 2027충청권하계세계대학경기대회조직위원회가 작성하는 서류에 대한 인지세를 2027년 12월 31일까지 면제함.

 

히. 우정사업본부·연기금의 차익거래, 기업재무안정 사모집합투자기구의 재무구조개선기업 투자 및 사업재편계획 이행에 따른 주권 또는 지분양도에 대한 증권거래세 면제 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장하며, 금융지주회사 설립 등을 위한 주식 이전 또는 교환에 대한 증권거래세 면제 적용기한을 2028년 12월 31일까지로 2년 연장하고, 농협금융지주회사가 산업은행으로부터 현물출자받은 주권 등의 자회사 양도에 대한 증권거래세 면제 제도를 폐지함.

 

갸. 2027충청권하계세계대학경기대회조직위원회, 지방자치단체, 시공업자가 대회 관련 시설의 제작ㆍ건설이나 경기 운영에 사용하기 위해 수입하는 물품의 관세를 감면함.

 

< 수산업협동조합중앙회 구조개편을 위한 조세특례 >

 

냐. 수산업협동조합중앙회가 수산업협동조합의 명칭을 사용할 수 있도록 하는 명칭사용용역에 대한 부가가치세 면제 적용을 상시화함.

 

< 사업재편계획을 위한 조세특례 >

 

댜. 산업위기대응특별지역에 소재한 내국법인 또는 석유화학기업이 사업재편계획에 따라 금융채무 상환 및 투자를 위해 자산을 매각하는 경우 현행 해당 사업연도의 종료일 이후 3개 사업연도 기간 동안 익금에 산입하지 아니하고 그 다음 3개 사업연도 기간 동안 분할해 익금에 산입하는 것에서 4개 사업연도 기간 동안 익금에 산입하지 아니하고 그 다음 5개 사업연도 기간 동안 분할해 익금에 산입하는 것으로 하고, 동 특례의 적용기한을 2026년 12월 31일에서 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

랴. 「기업 활력 제고를 위한 특별법」에 따른 사업재편계획에 따라 법인 주주가 채무를 인수ㆍ변제 또는 자산을 증여하는 경우, 금융기관이 채무를 면제하는 경우, 지배주주가 주식 전부를 다른 내국법인의 주식과 교환하는 경우, 합병 후 중복자산을 처분하는 경우 등에 법인세 과세이연 적용기한을 2026년 12월 31일에서 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

< 기회발전특구 지원을 위한 조세특례 >

 

먀. 기회발전특구로 이전하는 기업에 대한 과세특례의 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

뱌. 전남광주통합특별시 내 투자진흥지구ㆍ문화산업진흥지구에서 창업하거나 사업장을 신설하는 기업에 대해 법인세ㆍ소득세를 5년간 100%, 2년간 50% 감면함.

 

< 과세표준 양성화를 위한 조세특례 >

 

샤. 성실사업자 등에 대한 의료비 등 공제 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장하고 성실사업자 등이 청년인 경우에는 월세액 세액공제를 소득구분 없이 100분의 17의 공제율을 적용함.

 

야. 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제와 관련하여 대중교통이용분에 대해 별도의 공제율을 적용하지 아니하고, 문화체육사용분에 대한 별도의 공제율은 총급여액의 제한 없이 적용함.

 

쟈. 납세자의 부정행위로 소득금액이 100분의 10 이상 과다신고된 경우를 성실신고 확인비용 세액공제 추징사유로 추가함.

 

챠. 한국은행이 금 현물시장에서 매매거래를 통하여 공급받아 보관기관에서 금지금을 인출하는 경우 부가가치세법상 공급에서 제외함.

 

캬. 금 현물시장에서 거래하기 위하여 수입하는 금지금에 대한 관세 면제 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 3년 연장함.

 

< 조세특례제한 등 >

 

탸. 중소ㆍ중견기업의 제3자 사업승계 시 승계기업에 대한 소득세ㆍ법인세 감면의 경우 다른 소득세ㆍ법인세 세액감면 또는 세액공제와 중복 적용하지 않도록 하되, 중소기업에 대한 특별세액감면과는 중복 적용 가능하도록 함.

 

퍄. 소득세ㆍ법인세 미신고 시 세무서장이 결정하는 등 특정 사유에 해당하는 경우의 조세감면 적용 배제 대상에 중소ㆍ중견기업의 제3자 사업승계 시 승계기업에 대한 소득세ㆍ법인세 감면을 추가함.

 

햐. 최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 배제 대상에 중소ㆍ중견기업의 제3자 사업승계 시 승계기업에 대한 소득세ㆍ법인세 감면을 추가함.

 

겨. 해저광물의 탐사 및 채취사업에 사용하기 위하여 수입하는 기계ㆍ장비 및 자재에 대한 과세특례의 적용기한을 폐지함.

 

 

3. 의견제출

 

이 개정안에 대해 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2026년 8월 20일까지 국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 재정경제부(참조：조세특례제도과, 전화 (044)215-4136, 팩스 (044)215-8063, 이메일 gwl9021@korea.kr)에 제출하여 주시기 바랍니다.

 

가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)

 

나. 성명(기관ㆍ단체의 경우 기관ㆍ단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호

 

다. 그 밖의 참고 사항 등

 

※ 제출의견 보내실 곳

 

- 일반우편: (30112) 세종특별자치시 도움6로 42, 정부세종청사 중앙동 재정경제부 조세특례제도과

 

- 전자우편: gwl9021@korea.kr

 

- 팩스: 044-215-8063

 

 

4. 그 밖의 사항

 

개정안에 대한 자세한 사항은 재정경제부(아래 참조)로 문의하여 주시기 바랍니다.

 

소관분야	소관과	전화번호(044-215-)
투자, R&D, 고용, 중소기업, 지역특구 등	조세특례제도과	4131, 4132, 4133
징수특례 등	조세법령운용팀	4152
근로소득, 사업ㆍ연금ㆍ기타소득 등	소득세제과	4211, 4212, 4215
법인세	법인세제과	4222, 4223
이자ㆍ배당소득, 벤처, 금융상품, 증권거래세 등	금융세제과	4231, 4232, 4233, 4234
상속세, 양도소득, 증여세	재산세제과	4311, 4312, 4314
부가가치세, 인지세, 농림특례	부가가치세제과	4322, 4323
교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 개별소비세	환경에너지세제과	4331, 4335
비거주자ㆍ외국법인	국제조세제도과	4653
종합부동산세	조세개혁추진단	4361
관세	관세제도과	4413
조세지출	조세분석과	4142