정부업무평가 대상기관에 개인정보 보호위원회를 명확하게 규정하고, 「국가재정법 시행령」의 개정으로 중앙관서의 장 등이 주요 재정사업을 스스로 평가하는 재정사업자율평가가 기획예산처장관이 실시하는 통합재정사업성과평가로 변경됨에 따라 이를 통합실시되는 평가의 범위에서 제외하는 한편,
  정부업무평가 우수기관에 대한 포상금의 지급한도액을 5억원으로 하고, 국무총리 및 중앙행정기관의 장은 정부업무평가기본계획의 수립에 관한 조사ㆍ연구ㆍ분석 업무 등을 정부출연연구기관 등에 위탁할 수 있도록 하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.