⊙기획재정부공고제2021-6호
「조세특례제한법 시행령」을 개정하는 데에 있어, 그 개정이유와 주요내용을 국민에게 미리 알려 이에 대한 의견을 듣기 위하여 행정절차법 제41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.
2021년 1월 7일
기획재정부장관
조세특례제한법 시행령 일부개정령(안) 입법예고
1. 개정이유
기업투자 활성화를 위하여 신설된 통합투자세액공제의 세부요건을 규정하고, 미래 성장동력 확보를 위하여 연구개발비 세액공제 대상이 되는 신성장ㆍ원천기술의 범위를 확대ㆍ조정하며, 중소기업의 특허 조사ㆍ분석비용을 공제대상에 추가하여 중소기업의 효율적인 연구개발 수행을 지원하고, 한국판 뉴딜을 지원하기 위하여 특정사회기반시설 집합투자기구 투자자에 대한 과세특례의 세부요건을 규정하는 한편,
외국인 기술자에 대한 소득세 감면제도를 인력요건은 강화하되 취업기관의 범위를 확대하는 방향으로 재설계하고, 근로ㆍ자녀장려금 압류금지 기준금액을 상향하며, 근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제의 사후관리 요건을 합리화하는 등 조세특례제한법 개정에 따라 위임된 세부사항을 규정하고, 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.
2. 주요내용
가. 중소기업창업투자회사 등의 소재ㆍ부품ㆍ장비 중소기업 출자 시 양도차익 등 비과세 신설과 관련하여 적용 요건인 소재ㆍ부품ㆍ장비 관련 유망 중소기업은 「소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」 제13조에 따라 선정된 특화선도기업 중 중소기업으로 하고, 비과세되는 양도차익 및 배당소득의 계산방법에 대해 규정함.
나. 외국인 우수 인력의 국내 유치를 지원하기 위하여 외국인 기술자에 대하여 소득세를 5년간 감면하는 제도의 인력 요건은 이공계 등 학위 이상 소지자로서 외국 연구기관에서 5년 이상 근무 경험이 있는 자로 강화하되, 취업기관 요건은 국내 기업부설 연구소, 연구개발 전담부서, 대학 등으로 확대하는 방식으로 재설계 함.
다. 기업투자 활성화를 지원하기 위하여 통합투자세액공제가 신설됨에 따라 세액공제 적용 제외 업종, 공제대상 자산의 범위, 신성장·원천기술 사업화시설의 범위 및 투자금액 계산방법 등 세부요건을 규정함.
라. 통합투자세액공제 신설에 따라 폐지된 각종 시설투자세액공제 관련 규정을 삭제함.
마. 특정사회기반시설 집합투자기구의 유형을 부동산투자회사ㆍ투융자집합투자기구ㆍ부동산집합투자기구ㆍ특별자산집합투자기구로 하고, 특정사회기반시설 집합투자기구의 투자대상에 대한 의무투자비율을 50%로 하는 등 특정사회기반시설 집합투자기구 투자자에 대한 과세특례의 세부요건을 규정함.
바. 투융자집합투자기구 전용계좌의 계약기간을 1년 이상으로 하고 전용계좌 가입 전 보유하고 있는 투융자집합투자기구의 집합투자증권을 전용계좌로 이체하는 것을 제한함.
사. 중소·중견기업 육아휴직 복귀자 인건비 세액공제 제도의 이자상당액 계산방법에 관한 규정을 삭제함.
아. 정규직 전환 근로자의 임금증가분에 대한 세액공제를 받은 후 공제를 받은 과세연도 종료일부터 1년 내에 정규직 전환 근로자와의 근로관계를 종료하는 경우 종전에는 공제받은 세액에 이자상당액을 가산하여 납부하였으나, 앞으로는 공제받은 세액만 납부하도록 근로소득을 증대시킨 기업에 대한세액공제 사후관리 요건을 합리화함.
자. 기업의 고령자 고용에 대한 지원을 확대하기 위하여 직전 과세연도 대비 상시근로자 수가 증가한 기업에 대하여 적용하는 세액공제 우대 대상에 청년, 장애인, 국가유공자 외에 60세 이상 근로자를 추가함.
차. 정규직 근로자로의 전환에 따른 세액공제 제도의 이자상당액 계산방법에 관한 규정을 삭제함.
카. 지방이전기업에 대한 세액감면 적용 시 수도권과밀억제권역 밖으로 공장을 이전하는 경우와 본사를 이전하는 경우에 동일하게 세액감면 추징 규정이 적용되도록 함.
타. 신용공여 금지 등 개인종합자산관리계좌의 가입자가 투자중개업자와 체결하는 계약의 요건을 규정하고, 주식에서 발생하는 양도차손을 이자ㆍ배당소득에서 공제하도록 함.
파. 월세세액공제를 적용받을 수 있는 외국인 근로자의 범위를 「출입국관리법」에 따라 등록한 외국인 또는 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」에 따라 국내거소신고를 한 외국국적동포로서 해당 외국인의 배우자 및 직계존비속 등이 주택자금 공제를 받지 않은 경우로 함.
하. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대사업자의 자발적 신청을 통하여 등록이 말소되거나 의무임대기간이 경과하여 자동으로 등록이 말소되는 경우와 재개발·재건축 등으로 기존 임대주택이 멸실되는 경우에는 의무임대기간을 미충족하더라도 소형주택 임대사업자에 대해 감면세액을 추징하지 아니함.
거. 법령의 위임에 따라 장기보유특별공제 특례가 적용되는 임대소득의 계산 방법을 명확히 함.
너. 감염병 피해에 따른 특별재난지역의 중소기업에 대한 소득세·법인세 감면 관련하여「의료법」제3조에 따른 의료기관 중 병원급 의료기관 및 조산원에 대해서도 감면이 적용 될 수 있도록 함.
더. 근로ㆍ자녀장려금 재산요건 판정 시 전세금 및 임차보증금 평가방법을 조정하고, 요구불예금을 평가할 때 근로·자녀장려금 지급연도의 전년도 6월 1일 이전 3개월 평균 잔액을 활용하며, 근로장려금 지급액 산정 시 총급여액의 범위에서 부동산 임대소득을 제외하고, 근로장려금과 자녀장려금의 압류금지 기준금액을 상향 조정하며, 근로장려금 신청자가 반기 근로장려금 정산을 통해 발생한 환수금액에 대한 납부 고지를 요청한 경우 납세지 관할 세무서장은 즉시 환수 금액을 납부 고지하도록 하는 한편, 국세청장이 근로장려금 신청자격 확인 등을 위하여 요청할 수 있는 자료를 「장애인고용촉진 및 직업재활법」에 따른 중증장애인 등록자료로 변경함.
러. 투자ㆍ임금증가ㆍ상생협력으로 환류하지 아니한 소득에 대해 추가 과세하는 기준이 되는 과세대상 소득 대비 환류기준율을 사업용 자산에 대한 투자를 포함하는 경우 100분의 65에서 100분의 70으로 상향하고, 임금증가의 대상이 되는 상시근로자의 기준을 총급여 7천만 원 미만에서 8천만 원 미만으로 확대함.
머. 전자신고 세액공제 대상에 양도소득세가 추가됨에 따라 양도소득세 예정신고 1건당 2만원의 세액공제 금액을 규정함.
버. 전자고지 신청에 대한 세액공제의 도입에 따라 납부고지서 1건당 1천원의 세액공제 금액을 규정함.
서. 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례 적용 시 해운소득의 범위와 관련하여 기업회계기준에 따른 유동자산에서 발생하는 이자소득등은 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 이자소득등에 포함함.
어. 해외진출기업이 국내 창업 및 사업장 신설의 방식으로 복귀하는 경우의 세액감면 대상 소득을 규정하고, 국내사업 개시 후 해외사업장을 신설 또는 증설한 경우를 추징사유에 추가함.
저. 프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제 관련 규정을 「법인세법」에서 「조세특례제한법」으로 이관함.
처. 부가가치세가 면제되는 국민주택을 「주택법」에 따른 주택으로서 국민주택규모 이하인 것으로 명확히 함.
커. 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체에 한국수산자원공단 및 한국어촌어항공단을 추가함.
터. 간이과세제도 개편으로 간이과세자도 세금계산서를 발급할 수 있게 됨에 따라, 재활용폐자원 및 중고차 사업자가 간이과세자로부터 재활용폐자원 등을 구입하는 경우 의제매입세액 공제를 받을 수 있는 것을 세금계산서를 발급할 수 없고 영수증을 발급하여야 하는 간이과세자로부터 구입하는 경우에 의제매입세액 공제를 받을 수 있도록 변경함.
퍼. 연안화물선용 경유에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 감면 제도 신설에 따라 환급ㆍ공제 절차 및 용도 외 사용 시 추징 절차 등 법률에서 위임한 사항을 정함.
허. 외국인 관광객이 방문하여 주류를 구매할 경우 주세가 면제되는 소규모 주류 제조장을 「주류 면허 등에 관한 법률 시행령」에 따른 소규모 주류제조자가 운영하는 제조장으로서 같은 영 별표1 제4호에 따른 시설요건을 갖춘 주류 제조장으로 함.
고. 시장조성자가 양도하는 주식에 대한 증권거래세 면제 범위를 거래대금 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하도록 위임함.
노. 제주투자진흥지구의 활성화 지원을 위해 제주투자진흥지구 입주기업에 대한 법인세 등 감면 대상업종으로 마리나업을 추가하고, 카지노업 및 휴양 콘도미니엄업 등을 제외함.
도. 조세지출예산서 작성 세부 항목에 예비타당성 평가가 면제된 조세특례의 내역과 면제 사유를 추가함.
로. 통합투자세액공제를 적용받은 후 5년 이내에 해당 사업용자산을 처분할 경우 감면세액이 추징되는 건물과 구축물의 범위를 근로자 복지 증진 시설, 창고 및 숙박시설 등 기획재정부령으로 정하도록 함.
모. 연구개발 비용 세액공제 대상 인력개발비의 범위에 현장실습학기제 운영규정 에 따른 표준 현장실습학기제 과정에서 사전 취업약정 등을 체결하고 학기제 종료 후 채용된 대학생에게 지급한 현장훈련수당 등을 추가함.
보. 연구개발 비용 세액공제 대상 연구개발비의 범위에 발명진흥법 에 따라 지정된 ‘산업재산권 진단기관’에 지출한 특허 조사ㆍ분석 비용을 추가함.
소. 반도체ㆍ신재생에너지 등 신성장ㆍ원천기술 분야의 연구개발을 지원하기 위해 연구개발 비용 세액공제 대상이 되는 신성장·원천기술의 범위를 확대함.
3. 의견제출
이 개정안에 대해 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2021년 1월 21일까지 국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 기획재정부(참조：조세특례제도과, 전화 (044)215-4131, 4136 팩스 (044)215-8063, 이메일 jeonhs21@korea.kr)에 제출하여 주시기 바랍니다.
가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)
나. 성명(기관ㆍ단체의 경우 기관ㆍ단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호
다. 그 밖의 참고 사항 등
※ 제출의견 보내실 곳
- 일반우편 : 세종특별자치시 갈매로 477 정부세종청사 기획재정부 조세특례제도과
- 전자우편 : jeonhs21@korea.kr
- 팩스 : 044-215-8063
4. 그 밖의 사항
개정안에 대한 자세한 사항은 기획재정부 조세특례제도과(전화 044-215-4131, 4136 팩스 044-215-8063)로 문의하여 주시기 바랍니다.
