⊙기획재정부공고제2021-39호
「조세특례제한법 시행규칙」을 개정하는 데에 있어, 그 개정이유와 주요내용을 국민에게 미리 알려 이에 대한 의견을 듣기 위하여 행정절차법 제41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.
2021년 2월 17일
기획재정부장관
조세특례제한법 시행규칙 일부개정령(안) 입법예고
1. 개정이유
특정사회기반시설 집합투자기구 투자자에 대한 과세특례의 투자대상자산 범위 등 세부사항을 규정하고, 외국인 기술자 소득세 감면 관련 외국 대학·연구기관의 근무경험 요건을 규정하며, 신성장기술 사업화시설 투자에 대한 세액공제 적용대상 시설의 범위를 확대하는 한편, 개인종합자산관리 계좌의 소득금액 및 해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면 대상소득의 계산방법을 구체화하고, 사업재편 과세특례의 사후관리 요건을 완화하며, 부가가치세가 면제되는 다가구 주택의 정의를 신설하는 등 조세특례제한법 및 같은 법 시행령이 개정됨에 따라 위임된 세부사항을 규정하고, 현행제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임.
2. 주요내용
가. 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」제11조의3에 따른 표준 운영기준을 준수하는 현장실습을 실시하는 산업교육기관 등이 실습 참여 대학생과 체결하는 사전 취업약정의 세부요건을 규정함.
나. 연구·인력개발비 세액공제 대상인 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들을 지원하는 자가 연구업무 이외의 업무를 겸직하지 않아야 한다는 내용을 명시적으로 규정함.
다. 외국인 기술자에 대하여 소득세를 5년간 감면하는 제도의 인력 요건을 이공계 등 학사 학위 이상 소지자로서 외국 대학ㆍ연구기관에서 5년(박사 학위 소지자의 경우 2년) 이상 근무 경험이 있는 자로 강화하도록 「조세특례제한법 시행령」이 개정됨에 따라 외국 대학·연구기관의 근무 경험 요건 등을 구체화하여 규정함.
라. 통합투자세액공제 적용이 배제되는 사업용 자산인 건물, 구축물, 차량 등에 해당하더라도 업종별 특성 등을 고려하여 통합투자세액공제 대상에 포함되는 사업용 자산의 범위를 규정함.
마. 중소ㆍ중견기업이 아닌 일반기업의 가속상각 특례대상이 되는 연구시험용 시설 및 직업훈련용 시설, 에너지절약시설, 생산성향상시설의 구체적 범위를 규정함.
바. 특정사회기반시설 집합투자기구의 투자대상자산을 「조세특례제한법 시행령」 제24조제13항에 따른 위원회에서 인정한 부동산 및 사회기반시설로 하고, 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 따른 사회기반시설에 해당하는 부동산 및 그 부동산에 관한 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제229조제2호에 따른 부동산을 특정사회기반시설 관련 자산으로 규정함.
사. 주권상장법인의 주식에서 발생한 양도차손을 개인종합자산관리계좌 소득금액에서 차감하는 주식양도차손으로 하되 주권상장법인의 대주주가 보유한 주식에서 발생한 양도차손은 제외하는 등 소득금액을 계산하는 방법의 세부사항을 규정함.
아. 요구불예금 평가기준이 6월1일 이전 3개월 평균 잔액으로 변경됨에 따라 제출 자료를 3월2일부터 6월1일까지 기간 동안의 일평균잔액증명서로 구체화하고, 「장애인고용촉진 및 직업재활법」에 따른 중증장애인 확인 자료를 「중복된 장애의 합산 판정 기준 및 중증장애인 확인 고시」에 따른 중증장애인 확인서로 구체화함.
자. 투자ㆍ상생협력촉진세제 기업소득 계산 시 차감하는 법령에 따른 의무적립금에 부동산신탁업을 영위하는 법인이 신탁사업적립금으로 의무적립하는 금액을 추가하고, 상생협력지출액에 저축은행이 신용보증재단 등에 출연하는 금액을 추가함.
차. 해외진출기업이 국내 창업 및 사업장 신설의 방식으로 복귀하는 경우 세액감면 대상소득을 계산할 때 적용하는 국외사업장의 매출액 환산 방법을 정함.
카. 프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제 특례를 「법인세법」에서 「조세특례제한법」으로 이관함에 따라 소득공제의 세부요건을 정함.
타. 부가가치세가 면제되는 다가구주택을 「건축법 시행령」에 따른 다가구주택으로 정의하면서 한가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 간주하도록 함.
파. 간이과세제도 개편으로 간이과세자도 세금계산서를 발급할 수 있게 됨에 따라, 종전에는 국내에서 음식·숙박용역 등을 공급받고 관련 부가가치세를 환급받고자 하는 외국사업자가 세금계산서 발급을 요구하더라도 간이과세자인 경우에는 발급의무에서 제외하던 것을 앞으로는 세금계산서를 발급할 수 없고 영수증을 발급해야 하는 간이과세자만 제외하는 것으로 변경함.
하. 시장조성자의 증권거래세 면제 제외범위를 파생상품시장의 경우 선물ㆍ옵션 시장별로 거래대금 비중이 각각 100분의 5이상 또는 거래대금이 선물은 300조원이상, 옵션은 9조원이상인 파생상품의 기초자산이 되는 주식으로 하고, 주식시장의 경우 시가총액 1조원이상 또는, 회전율이 코스피ㆍ코스닥 시장별로 각각 상위 100분의50이상인 주식으로 함.
거. 기업의 사업재편 지원을 위해 부채비율 산정 시 제외하는 차입금의 범위에 사업용 공장 및 그 부속토지를 신규로 취득하기 위해 증가한 차입금을 추가함.
너. 신용카드 등 소득공제 대상 매출에 대하여 별도 가맹분리 등을 하지 않아도 해당 사업자 매출액전액을 소득공제 대상 매출액으로 인정하는 소규모 단일사업자의 매출액 기준을 도서·신문 사업자의 경우 3억원 이하, 공연·박물관·미술관 사업자의 경우 7,500만원 이하로 규정함.
더. 저축지원을 위한 조세특례의 제한을 위해 국세청장이 통지하는 사항을 과세기간별 금융소득종합과세 대상자의 주민등록번호로 하고, 금융소득종합과세 대상자로 통보받은 납세자가 의견을 제시하는 절차의 세부사항을 규정함.
러. 수도권과밀억제권역안의 투자에 대해 통합투자세액공제가 적용되는 사업용 자산의 범위를 에너지절약시설, 환경보전시설, 근로자복지증진시설, 의약품품질관리개선시설 등으로 규정함.
머. 이자·배당소득에 대한 조세특례 요건을 갖추지 못한 경우 비과세·감면세액을 추징할 때 자산을 환매ㆍ매도하기 위한 기간은 필요한 최소한의 기간으로 하되 최대 30일로 하고, 부적격판정일 직전계약기간 만료일까지 발생한 소득이 원천징수된 경우에는 계약기간 연장일부터 부적격판정일까지 발생한 소득에 대해 비과세·감면받은 세액 상당액을 추징하도록 함.
버. 통합투자세액공제 적용 후 5년 이내에 사업용 자산을 처분하는 경우 사후관리 대상이 되는 건축물 또는 구축물의 범위를 근로자복지증진 시설, 창고시설, 숙박시설 등으로 규정함.
서. 「조세특례제한법 시행령」 개정으로 한국수산자원공단 및 한국어촌어항공단이 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체로 지정됨에 따라 두 공단의 면세사업 범위를 지정함.
3. 의견제출
이 개정안에 대해 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2021년 3월 3일까지 국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 기획재정부(참조：조세특례제도과, 전화 (044)215-4131, 4136 팩스 (044)215-8063, 이메일 jeonhs21@korea.kr)에 제출하여 주시기 바랍니다.
가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)
나. 성명(기관ㆍ단체의 경우 기관ㆍ단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호
다. 그 밖의 참고 사항 등
※ 제출의견 보내실 곳
- 일반우편 : 세종특별자치시 갈매로 477 정부세종청사 기획재정부 조세특례제도과
- 전자우편 : jeonhs21@korea.kr
- 팩스 : 044-215-8063
4. 그 밖의 사항
개정안에 대한 자세한 사항은 기획재정부 조세특례제도과(전화 044-215-4131, 4136 팩스 044-215-8063)로 문의하여 주시기 바랍니다.
