⊙기획재정부공고제2024-165호
조세특례제한법 일부개정법률(안) 입법예고를 하는데 있어, 그 이유와 주요내용을 국민에게 미리 알려 이에 대한 의견을
듣기위하여 "행정절차법" 제 41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.
2024년 7월 26일
부총리겸기획재정부장관
조세특례제한법 일부개정법률(안) 입법예고
1. 개정이유
전략산업의 첨단기술에 대한 연구개발 및 관련 사업화시설에 대한 투자를 촉진하기 위해 국가전략기술, 신성장ㆍ원천기술
연구개발 세액공제 및 국가전략기술 사업화시설 투자세액공제의 적용기한을 연장하고, 기업의 원활한 성장을 지원하기 위해
중소기업을 졸업한 기업에 대해 연구ㆍ인력개발 세액공제, 통합투자세액공제 적용시 일정기간 동안 중소기업과 중견기업의
중간 수준의 공제율을 적용하며, 기업의 지속적인 투자 확대를 촉진하기 위해 통합투자세액공제의 추가공제에 대한 공제율을
상향하고, 제도 합리화를 위해 통합투자세액공제 적용 대상 자산에서 임대사업자의 임대용 자산을 제외하는 한편,
중소기업 창업 활성화와 지역균형발전을 위해 창업중소기업 세액감면의 적용기한을 2027년 12월 31일까지 3년 연장하면서
업종간ㆍ지역간 과세형평을 고려하여 신성장서비스업 우대 감면율은 적용기한 종료하면서 수도권 지역의 감면율은 하향
조정하고, 일부 기업에 감면혜택이 집중되는 것을 방지하기 위해 감면한도를 5억원으로 설정하는 한편, 중소기업의 성과공유
문화확산 등을 위해 성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제의 적용기한을 3년 연장하면서 세액공제율을 10%로
하며, 출산 및 육아 등으로 경력이 단절된 남성도 지원하는 등 경력단절자 범위를 확대하고, 복잡한 제도로 납세협력 비용이
과다하게 발생하는 통합고용세액공제를 고용 특성에 맞게 맞춤형으로 지원방식을 개편하면서 공제액 계산방식을 단순화하
며, 자발적 기업가치 제고 노력을 지원하기 위해 법인세 및 배당소득 과세특례를 신설하는 한편,
공급망 안정화를 위해 해외자원개발투자 세액공제 대상이 되는 외국자회사의 범위를 완화하고, 해외진출기업의 국내복귀를
지속적으로 지원하기 위해 해외진출기업의 국내복귀에 대한 소득세·법인세·관세 감면 적용기한을 3년 연장해 2027년 12월 31
일까지로 하며, 지역 균형발전을 더욱 효율적으로 지원하기 위해 수도권 안으로 공장을 이전하는 기업에 대한 감면대상을 축
소하고, 업종 요건을 합리화하며, 전자신고가 정착된 종합소득세, 법인세, 부가가치세에 대한 전자신고 세액공제를 폐지해 지
원 목적을 달성한 비과세·감면을 정비하는 한편,
중소ㆍ중견기업 재직청년 및 핵심인력의 자산형성을 지원하기 위하여 성과보상기금 공제금 중 기업납입금에 대한 소득세
감면 적용요건을 완화하고, 「고항사랑 기부금에 관한 법률」의 기부금 한도가 상향됨에 따라 기부금 세액공제 한도금액을 상
향하며, 소기업ㆍ소상공인 지원 확대를 위해 소기업ㆍ소상공인 공제부금에 대한 소득공제 한도를 상향하고, 결혼비용 지원을
위해 혼인에 대한 세액공제를 신설하며, 소상공인을 지원하기 위해 상가임대료를 인하한 임대사업자에 대한 세액공제 적용기
한을 연장하고, 일하는 저소득 결혼 가구에 대한 지원을 강화하기 위해 맞벌이 가구의 근로장려금 지급 소득기준을 완화하는
한편, 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.
2. 주요내용
< 중소기업에 대한 조세특례 >
가. 창업중소기업 세액감면 중 신성장서비스업에 대한 우대 감면율을 제외한 부분의 적용기한을 2027년 12월 31일까지
3년 연장하고, 연간 감면한도를 5억원으로 설정하며, 수도권과밀억제권역 또는 인구감소지역이 아닌 수도권의 감면율을
50%(청년 또는 수입금액이 8천만원 이하인 경우 100%)에서 25%(청년 또는 수입금액이 8천만원 이하인 경우 75%)로
하향 조정하고, 고용 증가에 따른 추가감면 계산 시 고용 증가율에 대한 반영률을 50%에서 100%로 상향 조정함.
나. “블록체인 기반 암호화자산 매매 및 중개업”을 한국표준산업분류 상 업종명인 “가상자산 매매 및 중개업”으로 변경함.
< 연구 및 인력개발에 대한 조세특례 >
다. 연구개발비 세액공제의 적용 대상을 명확하게 하기 위해 연구개발의 정의에 체계적이고 창의적인 활동일 것을 추가함.
라. 국가안보 차원의 전략적 중요성이 인정되고 국민경제 전반에 중대한 영향을 미치는 국가전략기술의 연구개발비 세액공
제 및 국가전략기술 사업화시설 투자세액공제와 미래 유망성 및 산업 경쟁력 등을 고려하여 지원할 필요성이 있다고 인
정되는 신성장ㆍ원천기술에 대한 연구개발비 세액공제의 적용기한을 2027년 12월 31일까지로 3년 연장함.
마. 기업 성장 시 공제율이 축소되는 폭을 완화하여 기업의 원활한 성장을 지원하기 위해 중소기업이 매출액 등 증가로 인해
중소기업에 해당하지 않게 되는 경우 중소기업에 해당하지 않게 된 시점부터 3년간 국가전략기술 연구개발비는 35퍼센
트, 신성장ㆍ원천기술 연구개발비는 25퍼센트 공제율을 적용하되, 코스닥 상장 중견기업에 대한 기본공제 25퍼센트, 추
가공제 최대 15퍼센트 우대 공제율은 폐지하여 여타 중견기업과 동일하게 공제율을 적용하고, 일반 연구개발비는 당초
중소기업에 해당하지 않게 된 시점부터 3년간 15퍼센트, 이후 2년간 10퍼센트인 공제율을 각각 3년간 20퍼센트, 이후 2
년간 15퍼센트로 상향함.
바. 기업의 연구개발 활동을 지원하기 위해 지급받은 시점에 익금불산입할 수 있는 연구개발 출연금의 범위에 국가,
지방자치단체, 공공기관, 지방공기업으로부터 받은 연구개발 출연금을 추가함.
사. 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제의 적용기한을 2027년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 세액공제율을 100분의
10에서 100분의 5로 조정하는 한편, 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분을 취득해야 하는 기간 요건을 종전
최대 2년에서 최대 3년으로 완화함.
아. 벤처기업의 우수 인재 유치를 지원하기 위하여 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 비과세 특례, 납부특례 및
과세특례의 적용기한을 2027년 12월 31일까지로 3년 연장함.
자. 중소기업의 성과공유 문화확산 및 우수 일자리 창출을 지속 지원하기 위해 성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한
세액공제 및 소득세 감면 적용기한을 2027년 12월 31일까지 3년 연장하고, 세액공제율을 현행 15%에서 10%로 인하함.
< 투자촉진을 위한 조세특례 >
차. 기업 성장 시 공제율이 축소되는 폭을 완화하여 기업의 원활한 성장을 지원하기 위해 중소기업이 매출액 등 증가로 인해
중소기업에 해당하지 않게 되는 경우 중소기업에 해당하지 않게 된 시점부터 3년간 국가전략기술 사업화시설 투자에
대해서는 20퍼센트, 신성장ㆍ원천기술 사업화시설 투자에 대해서는 9퍼센트, 일반 투자에 대해서는 7.5퍼센트 공제율을
적용함.
카. 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에 그 초과하
는 금액에 적용하는 추가공제의 공제율을 국가전략기술 사업화시설 투자는 4퍼센트에서 10퍼센트로, 그 외 투자는 3퍼
센트에서 10퍼센트로 각각 상향함.
< 고용지원을 위한 조세특례 >
타. 출산ㆍ육아 등으로 경력이 단절된 근로자의 재취업 지원을 강화하기 위해 중소기업 취업자 소득세 감면 및 통합고용세
액공제 우대공제 대상인 경력단절근로자 범위를 남성까지 확대함.
파. 중소ㆍ중견기업 재직청년 및 핵심인력의 자산형성을 지원하기 위하여 성과보상기금에 5년이상 가입하여 수령한 자에
대해 적용되던 소득세 감면의 요건을 3년이상 가입하여 수령한 자로 완화하고, 감면대상이 되는 성과보상기금의
공제사업 범위를 구체화하는 위임규정을 마련하고, 적용기한을 2027년 12월 31일까지로 3년 연장함.
하. 통합고용세액공제는 제도의 복잡성으로 납세협력 비용이 과다하게 발생하고 있어, 제도를 단순화하기 위해 지원 대상을
고용의 특성에 따라 계속고용과 탄력고용으로 구분하고, 계속고용의 증가에 대해서는 정액지원하되 공제액을 상향하며,
탄력고용은 임시직(1개월이상 1년미만 기간제)과 초단시간(주15시간 미만 근로) 근로자까지 포함하고 계속고용이 유지
또는 증가하는 경우에 탄력고용 임금 지급 증가분에 대해 20%~40%까지 정률로 지원하며, 공제 후 일정기간(2~3년)
고용을 유지하고 고용감소시 추징하는 사후관리제도를 폐지하는 대신 계속고용을 공제 후 1년간 유지할 경우 추가로
공제하고, 중소기업이 아닌 기업의 경우에는 최소 증가 인원 기준을 마련함.
< 기업구조조정을 위한 조세특례 >
거. 벤처기업의 성장을 지원하기 위해 전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환등에 대한 과세특례 적용기한을
2027년 12월 31일까지로 3년 연장함.
너. 벤처기업 성장을 지원하기 위해 벤처기업 창업주가 복수의결권주식 취득을 위해 현물출자하는 경우, 현물출자로
발생한 양도소득에 대해 양도소득세 과세이연을 허용함.
< 지역 간의 균형발전을 위한 조세특례 >
더. 기부금 세액공제가 적용되는 고향사랑기부금의 기부 한도를 500만원에서 2,000만원으로 상향 조정함.
러. 중소기업의 경우 공장 이전 시 세액 감면 대상을 수도권 밖 또는 수도권 안 인구감소지역으로 이전하는 경우에만
감면이 적용되도록 함.
머. 공장 또는 본사를 수도권 밖으로 이전 시 세액감면을 적용하기 위한 업종 요건을 이전 전 2년간
(공장이전 중소기업은 1년간) 영위하던 업종과 동일한 업종을 영위하는 경우로 하고, 이전을 위해 조업을 중단한 날 또
는 이전 등기일이 속하는 과세연도 개시일 전 10년 중 지방이전지원세제 감면을 적용받은 기업은 감면을 적용 받을 수
없도록 함.
버. 1주택자가 요건을 충족하는 인구감소지역 내 주택을 취득하는 경우에도 1세대 1주택자로 간주하여 양도소득세 및
종합부동산세의 1세대 1주택 특례를 적용하도록 함.
< 공익사업지원을 위한 조세특례 >
서. 의료기술협력단의 설립 및 운영을 지원하기 위해 고유목적사업준비금 손금산입 특례 대상에 의료기술협력단을 추가함.
< 저축지원을 위한 조세특례 >
어. 소기업ㆍ소상공인에 대한 사회안전망을 강화하기 위해 소기업ㆍ소상공인 공제부금에 대한 소득공제 한도를 사업소득금
액 4천만원 이하에 대해 500만원에서 600만원으로, 사업소득금액 4천만원 초과 1억원 이하에 대해 300만원에서 400만
원으로 각각 상향하고, 법인 대표자에 대한 소득공제 적용 기준을 총급여 7천만원에서 8천만원으로 상향함.
저. 결혼 가구의 주택 마련을 지원하기 위해 주택청약종합저축 납입액에 대한 소득공제 및 청년우대형 주택청약종합저축
이자소득 비과세 대상을 세대주뿐만 아니라 그 배우자까지 확대 적용함.
처. 국민 자산형성을 지원하고 자본시장 수요기반 확충을 지원하기 위해 개인종합자산관리계좌의 납입한도 및 비과세한도
를 확대하고, 국내투자형 개인종합자산관리계좌를 신설함.
커. 청년층 자산형성을 지원하기 위해 청년형 장기집합투자증권저축 납입금액에 대한 소득공제 적용기한을
2025년 12월 31일까지로 1년 연장함.
터. 청년층 자산형성을 지원하기 위해 청년도약계좌 비과세 추징요건을 계약체결일로부터 5년 이내 계좌를 해지하는 경우
에서 3년 이내 계좌를 해지하는 경우로 완화함.
퍼. 국채 수요기반 다변화 및 국민 자산형성을 지원하기 위해 개인투자용 국채 이자소득 분리과세의 적용기한을 2027년
12월 31일까지로 3년 연장함.
< 국민생활의 안정을 위한 조세특례 >
허. 거주자가 2026년 12월 31일 이전에 혼인신고를 하는 경우 혼인신고를 한 날이 속하는 과세기간의 종합소득산출세액에
서 50만원(부부가 모두 적용 시 100만원)을 공제하되 일생에 1번만 적용하도록 함.
고. 소상공인을 지원하기 위하여 상가임대료를 인하한 임대사업자에 대한 세액공제의 적용기한을 2025년 12월 31일로 1년
연장함.
노. 민간건설임대주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용기한을 2027년 12월 31일까지로 3년 연장함.
도. 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 대한 양도소득세 과세특례 적용기한을 2027년 12월 31일까지로 3년
연장함.
로. 1주택자가 2024년 1월 10일부터 2025년 12월 31일까지 기간 중에 수도권 밖에 소재한 준공 후 미분양주택을 취득하는
경우 1세대 1주택자로 간주하여 양도소득세 및 종합부동산세의 1세대 1주택 특례를 적용하도록 함.
모. 영세개인사업자의 재기를 지원하기 위하여 영세개인사업자의 체납액 징수특례의 적용대상이 되는 재기 영세사업자의
기간 요건과 신청기한을 1년씩 연장함.
보. 기초연금수급자가 장기보유한 부동산을 2027년 12월 31일까지 양도하여 발생하는 소득을 연금계좌에 납입하는 경우에
납입액의 100분의 10에 해당하는 금액을 양도소득세 산출세액에서 공제함.
< 근로장려를 위한 조세특례 >
소. 맞벌이 가구가 혼인으로 인해 불리해지지 않도록 근로장려금 지급 소득상한금액을 현행 연 3,800만원 미만에서
단독가구의 2배수준인 연 4,400만원 미만으로 확대함.
오. 근로장려금 지급대상이 되는 홑벌이 가구의 부양가족이 장애인인 직계존속인 경우, 질병 치료 및 요양 목적 등으로
일시 퇴거하여 동거가족이 아니거나 현실적으로 생계를 같이 하는 경우가 아니더라도 근로장려금 대상이 되는 홑벌이가
구의 부양가족에 포함함.
조. 하반기 소득분에 대한 근로장려금 지급금액은 연간 근로장려금 산정액에서 상반기 소득분에 대한 근로장려금으로
지급된 금액을 차감한 금액으로 명확히 함.
초. 상반기 소득분에 대한 근로장려금 지급 시 해당 귀속연도의 자격요건 변경 등으로 인해 환수가 예상되는 경우 상반기
근로장려금 지급을 유보할 수 있도록 함.
< 투자ㆍ상생협력 및 주주환원 촉진을 위한 조세특례 >
코. 주주환원 촉진을 위해 주주환원금액을 증가시킨 상장기업에 대해 직전 3개 사업연도 평균 주주환원금액 대비
100분의 5를 초과한 금액의 100분의 5를 2027년 12월 31일이 속하는 사업연도까지 법인세에서 공제받을 수 있도록 함.
토. 주주환원금액을 증가시킨 상장기업으로부터 지급받은 배당금의 일부를 저율 분리과세하여 기업의 자발적 주주가치
제고 노력을 지원함.
< 그 밖의 직접국세특례 >
포. 전자신고가 정착됨에 따라 종합소득세, 법인세, 부가가치세과세표준 신고에 대한 전자신고 세액공제를 폐지하고,
연간 공제한도를 세무대리인 200만원, 세무법인 500만원으로 조정함.
호. 해운업 경쟁력 강화를 위해 해운기업 법인세 과세표준 계산 특례의 적용기한을 2029년 12월 31일까지로 5년 연장하고,
톤당 1운항일 이익을 선박 소유 현황 등을 고려하여 대통령령으로 정할 수 있도록 위임근거를 신설함.
구. 서민 정책금융 활성화를 위해 신용회복목적회사에 출연 시 손금산입 특례의 적용기한을 2027년 12월 31일까지로 3년
연장함.
누. 해외자원개발투자 세액공제 대상 외국자회사 범위를 완화하기 위해 주식총수 또는 출자총액에서 외국자회사의 소재지
국 법령 등에 의해 해당국 정부 등이 의무적으로 보유하도록 규정되어 있는 주식 또는 출자지분은 제외하고 둘 이상의
내국인이 공동으로 100% 출자한 외국자회사도 포함하며 이에 대한 구체적인 요건을 대통령령으로 규정하도록 위임규
정을 마련함.
두. 국내로 복귀하는 해외진출기업에 대한 소득세, 법인세 및 해당 기업이 수입하는 자본재에 대한 관세 감면 적용기한을
2027년 12월 31일까지로 3년 연장함.
루. 정비사업 활성화를 위해 정비사업조합 설립인가등의 취소에 따른 채권 손금산입 특례의 적용기한을 2027년 12월 31일
까지로 3년 연장함.
무. 개인사업자의 건설기계 처분에 따른 세부담 완화를 위해 건설기계 양도차익 중 일부에 대해 다른 건설기계의 대체취득
을 조건으로 양도일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간부터 3년간 분할하여 수입금액에 산입할 수 있도록 허용함.
< 간접국세에 대한 조세특례 >
부. 세원투명성 제고를 위해 송객용역을 공급받는 면세점 또는 관광사업자가 송객용역에 대한 부가가치세를 직접 납부하도
록 매입자 납부특례를 도입함.
수. 외국인관광 활성화를 위해 외국인관광객에 대한 부가가치세 환급대상 숙박용역을 제공할 수 있는 시설을 「관광진흥법」
상 호텔에서 관광숙박시설로 확대함.
우. 환경친화적 자동차의 보급을 지속적으로 지원하기 위하여 하이브리드자동차, 전기자동차, 수소전기자동차에 대한 개별
소비세 감면기한을 2026년 12월 31까지로 2년 연장하되, 하이브리드자동차에 대한 개별소비세 감면 한도는 현행 100만
원에서 70만원으로 조정함.
< 과세표준 양성화를 위한 조세특례 >
주. 성실사업자 및 성실신고확인대상사업자가 수입금액의 20% 이상을 과소 신고하거나 필요경비의 20% 이상 과대 계상
시 의료비 등 세액공제분을 추징하도록 하고 있으나, 성실사업자가 사업소득금액의 20% 이상을 과소신고하거나 성실
신고확인대상사업자가 사업소득금액의 10% 이상을 과소신고하는 경우로 추징요건을 변경함.
추. 2025년 7월 1일 이후에 지출한 수영장, 체력단련장 시설 사용료에 대해 도서공연비등의 신용카드 추가공제 한도 내에서
30% 소득공제를 적용함.
< 기타 조세특례 >
쿠. 조세지출 효율성 제고를 위해 창업중소기업 세액감면과 통합고용세액공제의 중복을 배제하고, 근로소득증대세액공제와
통합고용세액공제의 탄력고용 인건비 증가에 대한 지원의 중복을 배제함.
투. 투자세액공제를 적용받은 후 2년 내에 처분·임대하는 경우 추징하는 대상에 임대사업자의 임대용 자산 임대를 추가함.
< 금융투자소득세 폐지에 따른 정비 >
푸. 2025년 1월 1일부터 시행 예정인 금융투자소득세를 국내외 경제상황과 자본시장에 미칠 영향 등을 고려하여 도입하지
않고 현행 주식 등에 대한 양도소득세 과세체계를 유지함.
3. 의견제출
이 개정안에 대해 의견이 있는 기관ㆍ단체 또는 개인은 2024년 8월 9일까지 국민참여입법센터
(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 기획재정부(참
조：조세특례제도과, 전화 (044)215-4131, 4136 팩스 (044)215-8063, 이메일 gfxm140@korea.kr)에 제출하여 주시기 바랍니
다.
가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)
나. 성명(기관ㆍ단체의 경우 기관ㆍ단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호
다. 그 밖의 참고 사항 등
※ 제출의견 보내실 곳
- 일반우편 : (30112) 세종특별자치시 도움6로 42 정부세종청사중앙동 기획재정부 조세특례제도과
- 전자우편 : gfxm140@korea.kr
- 팩스 : 044-215-8063
4. 그 밖의 사항
개정안에 대한 자세한 사항은 기획재정부 조세특례제도과(전화 044-215-4131, 4136, 팩스 044-215-8063)로 문의하여
주시기 바랍니다.
