⊙기획재정부공고제2022-21호
「조세특례제한법 시행령」 일부개정령(안) 입법예고를 하는데 있어, 그 이유와 주요내용을 국민에게 미리 알려 이에 대한 의견을 듣기위하여 "행정절차법" 제 41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.
2022년 1월 7일
부총리겸기획재정부장관
조세특례제한법 시행령 일부개정령(안) 입법예고
1. 개정이유
글로벌 공급망 재편, 디지털·그린경제 전환 및 보건·감염병 위기 등 대외경제여건 하에서 국가안보 및 국민경제 차원에서 전략적으로 중요한 반도체·배터리·백신 3대 분야를 지원하기 위해 국가전략기술의 연구개발 및 시설투자에 대한 세제지원을 신설하고, 청년층 자산형성을 지원하기 위해 청년형 장기집합투자증권저축에 대한 소득공제를 신설하는 등의 내용으로 「조세특례제한법」이 개정됨에 따라, 국가전략기술의 구체적 범위 및 국가전략기술 시설이 일반제품을 병행 생산하는 경우 투자세액공제 적용방법 등을 규정하고, 청년형 장기집합투자증권저축 소득공제의 가입대상 확인ㆍ관리 및 소득공제 절차 등을 정하는 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 세부사항을 규정하는 한편,
탄소중립 실현 및 차세대 성장동력 확보를 위해 신성장·원천기술 연구개발비 세액공제 적용대상 기술 범위를 개편하고, 대·중소기업 임금격차 축소를 위해 성과공유 중소기업에 대한 과세특례의 적용요건을 완화하며, 기업환경 개선을 위해 해외진출기업의 국내복귀에 대한 세액감면의 적용요건을 완화하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임.
2. 주요내용
가. 중소기업 결손금 소급공제에 따른 환급특례 대상이 확대됨에 따라 환급 대상 금액 계산방법과 환급 신청기간 및 절차를 규정함.
나. 국가전략기술 연구개발비에 대하여 국가전략기술을 자체 연구개발하는 경우에는 인건비, 재료비 등으로, 위탁 및 공동연구개발하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기관 등에 대한 위탁·공동연구개발비용으로 규정하고, 일반연구·인력개발비, 신성장·원천기술 연구개발비 및 국가전략기술 연구개발비를 각각 구분경리 하도록 하고 공통되는 비용이 있는 경우의 구분방법을 규정함.
다. 기술혁신형 중소기업 주식취득 시 세액공제의 요건이 ‘동일 사업연도 내 50% 초과 취득’으로 완화됨에 따라 특례 요건 충족여부 판단시점, 피인수법인 순자산시가 산정방식 등 세부내용을 규정함.
라. 창업자 등에의 출자에 대한 과세특례 적용대상을 ‘벤처기업임을 확인받은 기업’으로 명확히 규정함.
마. 「기초연구법 시행령」 별표1이 삭제됨에 따라 지식기반서비스업 업종 구분이 사라진 점을 감안하여 엔젤투자자에 대한 과세특례 관련 연구개발비 투자우수기업 판단 시에 모든 업종에 대해 연구개발비 3천만원 기준이 적용되도록 함.
바. 벤처펀드가 벤처기업의 신주와 구주를 모두 보유하고 있는 상황에서 해당 벤처기업 주식 매도시 신주·구주 중 어느 것을 매도했는지 불분명한 경우 신주·구주의 비율에 비례하여 주식을 매도한 것으로 보도록 규정함.
사. 벤처기업이 인수한 기업의 임직원이 부여받은 주식매수선택권도 행사이익 비과세 등 벤처기업 과세특례를 적용받을 수 있도록 법률이 개정됨에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 요건을 규정함.
아. 부여 당시 시가보다 행사가액이 낮은 주식매수선택권에 대해 법 제16조의4에 따른 과세이연 특례가 적용되기 위해서는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따른 요건을 충족해야 하는 점 등을 규정함.
자. 영업이익이 발생하지 않은 과세연도에 지급하는 경영성과급에 대해서도 성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제를 적용받을 수 있도록 영업이익 발생 요건을 삭제함.
차. 통합투자세액공제 대상자산의 범위에 중소기업 및 중견기업이 내국인으로부터 취득하는 「특허법」에 따른 특허권, 「실용신안법」에 따른 실용신안권, 「디자인보호법」에 따른 디자인권을 추가함.
카. 신성장·원천기술을 사업화하는 시설 또는 국가전략기술을 사업화하는 시설의 범위에 신성장·원천기술 사업화 생산 공정 또는 국가전략기술 사업화 생산 공정 이외의 다른 생산 공정과 병행하여 사용하는 경우의 시설도 포함하도록 규정을 명확히 함.
타. 신성장사업화시설 및 국가전략기술사업화시설이 다른 생산공정과 병행하여 사용되는 경우 투자세액공제를 받은 자산에 대한 사후관리 기간을 투자완료일이 속하는 과세연도의 다음 3개 과세연도의 종료일까지로 규정하고, 사후관리 기간 동안 해당 시설의 신성장·원천기술 및 국가전략기술 제품 생산량 비율이 100분의 50을 초과하지 않는 경우 다른 사업목적으로 전용한 것으로 간주하도록 함.
파. 탄소중립 기술 및 미래유망기술의 연구개발을 지원하기 위해 신성장ㆍ원천기술의 범위에 탄소중립분야를 신설하고, 탄소 포집·활용·저장, 수소, 산업공정, 에너지효율·수송 부문 등의 주요 탄소중립 기술과 신산업 기술을 추가함.
하. 국가안보 차원의 전략적 중요성이 인정되고 국민경제 전반에 중대한 영향을 미치는 반도체·배터리·백신 3대 분야 국가전략기술의 구체적인 범위를 규정함.
거. 과도한 감면세액 추징을 방지하기 위하여 뉴딜 인프라 펀드, 공모 인프라 펀드 및 개인종합자산관리계좌(ISA)의 부득이한 중도해지 판단 시점을 계약기간 만료일 6개월 이전에서 계약 해지일 6개월 이전으로 변경함.
너. 전략적 제휴를 위한 주식교환 특례 대상인 기술우수 중소기업의 정의를 창업 3년 이내인 중소기업 중 기술성 우수기업, 연구개발비 투자우수기업, 기술등급 우수기업으로 신설함.
더. 우리사주조합원이 소득공제를 추가로 받은 경우 증권금융회사에 예탁한 자사주를 과세대상주식으로 변경 통보해야 하는 의무를 부여함.
러. 2023년 금융투자소득 도입 후 개인종합자산관리계좌(ISA) 내 금융투자상품에서 발생하는 소득과 이자ㆍ배당 소득과의 통산방법을 규정함.
머. 장병내일준비적금 이자소득 비과세 특례 대상에 대체복무요원을 추가함.
버. 청년형 장기집합투자증권에 대한 소득공제 특례가 신설됨에 따라 동 저축 가입절차 등을 규정함.
서. 청년희망적금에 대한 이자소득 비과세 특례가 신설됨에 따라 동 적금 가입절차 등을 규정함.
어. 착한임대인 세액공제 적용기한이 1년 연장됨에 따라, 임대료 계산방법이 적용되는 기한도 1년 연장함.
저. 근로장려금 신청대상에서 월 평균 급여액이 500만원 이상인 고임금 근로자를 제외하고, 사업소득자의 총급여액등을 산정하기 위한 업종별 조정률을 조정하며, 근로ㆍ자녀장려금 재산요건 판정 시 가구원 범위 및 전세금ㆍ임차보증금 평가방법을 합리화함.
처. 근로ㆍ자녀장려금 신청자가 전자송달을 신청하거나 신청금액과 결정금액이 일치하는 경우 근로ㆍ자녀장려금의 결정사실을 전자송달의 방식으로 통지할 수 있도록 함.
커. 지역특구 입주기업 등이 감면대상사업장의 사업을 폐업하거나 사업장을 특구지역 외의 지역으로 이전한 경우 사유발생일로부터 소급하여 폐업은 3년, 이전은 5년 간 감면받은 세액을 해당 사유가 발생한 과세연도의 과세표준 신고를 할 때 납부하도록 규정함.
터. 수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인이 세액감면을 적용받기 위한 최소 투자ㆍ고용요건을 투자금액이 10억원 이상이고 이전본사의 근무인원이 20명 이상인 경우로 규정함.
퍼. 제주투자진흥지구 활성화를 위해 화장품제조업을 추가 하는 등 세액감면 대상 업종을 확대함.
허. 투자·상생협력촉진세제의 기업소득에서 차감하는 법인세액 및 법인지방소득세액의 구체적인 금액을 기획재정부령에 위임하고, 결손금 공제의 적용방법을 규정하는 한편, 환류 대상에 해당하는 임금증가 근로자를 판단함에 있어 해당 과세연도의 근로제공기간이 1년 미만인 근로자에 대한 금액 판단 기준을 규정함.
고. 비영리조합으로 의제하는 정비사업조합의 범위에 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 설립된 조합도 포함됨에 따라 정비사업조합의 비수익사업 범위에 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업도 추가함.
노. 해운기업에 대한 과세특례를 적용받는 기업이 사용한 용선선박 또는 공동운항선박의 사용률 신고기준을 해당 선박의 최대적재량에서 해당 선박에 적재한 물량이 차지하는 비율로 정비하고, 해당 기업이 컨테이너 수량을 기준으로 용선계약 또는 공동운항을 한 경우에는 해당 선박에 적재한 컨테이너 수를 해당 선박에 적재할 수 있는 최대 컨테이너 수로 나눈 비율로 정비함.
도. 해외진출기업의 국내복귀 활성화를 위해 국내 사업장 신ㆍ증설 기한 요건을 해외사업장 양도ㆍ폐쇄ㆍ축소 후 1년 이내에서 2년 이내로 완화함.
로. 이스포츠경기부를 설치？운영한 기업도 과세특례를 적용받게 됨에 따라 이스포츠경기부에 대한 요건을 규정하고, 특례를 적용받을 수 있는 구체적인 운동 종목 및 이스포츠 종목을 기획재정부령에 위임하는 한편, 이전에 동 특례를 적용받았다가 해체한 경기부를 다시 설치한 경우 해체한 날로부터 1년 이내에 재설치한 경기부는 특례 적용을 배제함.
모. 우수 선화주 인증을 받은 국제물류주선업자에게 적용되는 매출액 요건을 삭제함.
보. 전신 중증 근무력증 및 시신경 척수염 범주질환 환자의 치료에 사용할 치료제가 부가가치세 면제 대상에 포함되도록 부가가치세 면제 대상 희귀의약품 범위를 조정함.
소. 2022년에 한하여 외국인관광객 숙박요금 부가가치세 환급특례를 적용받을 수 있는 호텔의 요건을 직전 4개연도 중 1개연도 대비 외국인관광객 숙박요금 인상률이 10% 이내인 호텔로 규정함.
오. 경형자동차 연료에 대한 교통·에너지·환경세 및 개별소비세의 환급특례 적용기한을 2023년 12월 31일까지로 2년 연장하고, 연간 환급 한도액을 20만원에서 30만원으로 상향 조정함.
조. 내국법인이 사업재편개획에 따라 자산을 매각한 후 자산매각 대금을 투자에 활용하는 경우에도 양도차익 과세이연을 받을 수 있게 됨에 따라 사후관리 요건 등 세부내용을 규정함.
초. 무기명 선불카드등도 실제 사용자의 예금계좌와 연결되어 있는 경우 신용카드등 소득공제가 적용되도록 함.
3. 의견제출
이 개정안에 대해 의견이 있는 기관·단체 또는 개인은 2022년 1월 20일까지 국민참여입법센터(http://opinion.lawmaking.go.kr)를 통하여 온라인으로 의견을 제출하시거나, 다음 사항을 기재한 의견서를 기획재정부(참조：조세특례제도과, 전화 (044)215-4131, 4136 팩스 (044)215-8063, 이메일 grog200@korea.kr)에 제출하여 주시기 바랍니다.
가. 예고 사항에 대한 찬성 또는 반대 의견(반대 시 이유 명시)
나. 성명(기관ㆍ단체의 경우 기관ㆍ단체명과 대표자명), 주소 및 전화번호
다. 그 밖의 참고 사항 등
※ 제출의견 보내실 곳
- 일반우편 : 세종특별자치시 갈매로 477 정부세종청사 기획재정부 조세특례제도과
- 전자우편 : grog200@korea.kr
- 팩스 : 044-215-8063
4. 그 밖의 사항
개정안에 대한 자세한 사항은 기획재정부 조세특례제(전화 044-215-4131, 4136 팩스 044-215-8063)로 문의하여 주시기 바랍니다.
