구 「국가연구개발혁신법」(2024년 1월 23일 법률 제20057호로 개정되어 2024년 7월 24일 시행된 것을 말하며, 이하 같음) 제13조제3항 각 호 외의 부분에서는 연구개발비는 직접비와 간접비로 구성하며 그 사용용도는 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 구 「국가연구개발혁신법 시행령」(2024. 12. 31. 대통령령 제35134호로 일부개정되어 같은 날 시행된 것을 말하며, 이하 같음)에서 신설된 별표 2 제2호가목4)에서는 연구개발과제 수행에 참여하는 연구자 또는 연구지원인력(이하 “연구자등”이라 함)의 육아휴직(각주: 「남녀고용평등과 일·가정 양립 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 육아휴직을 말하며, 이하 같음) 기간 동안 해당 연구자등에 대하여 연구개발기관이 부담하는 고용보험료 및 산재보험료(각주: 「고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률」 제13조에 따른 고용보험료 및 산재보험료를 말함) 등의 비용(이하 “보험료등”이라 함)을 간접비(각주: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 공통적으로 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 없는 비용을 말하며, 이하 같음(「국가연구개발혁신법」 제13조제3항제2호 참조))의 사용용도로 규정하고 있으며, 같은 영 부칙 제2조에서는 별표 2 제2호가목4)의 개정규정은 같은 영 시행 당시 진행 중인 연구개발과제 수행에 참여하였던 연구자 및 연구지원인력에 대해서도 적용한다고 규정하고 있는바,
구 「국가연구개발혁신법 시행령」 시행 당시 진행 중인 연구개발과제 수행에 참여하였던 연구자등에 대해서 같은 영 시행 전에 육아휴직이 종료된 경우에도 해당 육아휴직 기간 동안 연구개발기관이 부담한 보험료등의 비용이 간접비의 사용용도에 해당하는지?

이 사안의 경우, 해당 육아휴직 기간 동안 연구개발기관이 부담한 보험료등의 비용은 간접비의 사용용도에 해당하지 않습니다.

먼저 새로운 법령은 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 그 법령의 효력 발생 전에 완성되거나 종료된 사실관계 또는 법률관계에 대해서는 적용하지 아니하므로(각주: 「행정기본법」 제14조제1항 참조) 원칙적으로 장래의 법률관계를 규율하기 위한 것이고, 과거에 발생하여 개정된 법령의 시행 당시에도 여전히 진행 중인 사실관계나 법률관계에는 원칙적으로 그 효력이 미치지만, 그러한 사실관계나 법률관계가 일련의 절차나 단계를 거쳐 진행되는 경우 새로 시행되는 규정의 구체적 적용관계를 명확히 하기 위해 적용례를 둘 수 있고(각주: 법제처 법령입안·심사기준(2024) p.641 참조), 본칙 규정을 개정하면서 본칙 규정의 적용 범위를 정하기 위해 마련된 부칙 규정을 해석함에 있어서는 부칙 규정의 문언적 의미의 한계를 벗어나지 아니하는 범위에서 본칙 규정의 개정 경위와 이유를 존중할 필요가 있다고 할 것인데(각주: 서울행정법원 2019. 1. 23. 선고 2018구단55213 판결례(확정), 법제처 2024. 9. 13. 회신 24-0571 해석례 참조), 구 「국가연구개발법 시행령」 별표 2 제2호가목4)는 연구개발과제 수행에 참여하고 있는 연구자등의 안정적인 육아 및 연구 수행을 지원하기 위하여 육아휴직 중인 연구자등의 보험료등을 간접비로 활용할 수 있도록 한 것으로서(각주: 구 「국가연구개발혁신법 시행령」 조문별 제·개정이유서 참조) 같은 규정의 적용대상은 육아휴직 중인 연구자등이라 할 것이고, 같은 영 부칙 제2조에 규정된 “연구개발과제 수행에 참여하였던 연구자등”은 본칙의 규정과 마찬가지로 육아휴직 중일 것을 전제한다고 할 것인바, 같은 조가 같은 영 시행 전에 육아휴직이 종료된 연구자등에 대해서도 적용된다고 보아 해당 육아휴직 기간 동안 연구개발기관이 부담한 보험료등의 비용이 간접비의 사용용도에 해당한다고 보는 것은 현재 연구개발과제 수행에 참여하고 있는 연구자등이 육아휴직을 사용하는 경우를 지원하고자 하는 본칙 규정의 개정 취지에 벗어나는 해석으로서 타당하지 않다고 할 것입니다.
그리고 만약 구 「국가연구개발혁신법 시행령」 부칙 제2조의 취지가 이미 육아휴직이 종료되어 개정규정의 효력 발생 전에 종료된 사실관계 또는 법률관계에 대해서까지 개정규정이 적용되도록 하려면 ‘이 영 시행 전에 종료된 육아휴직의 경우 해당 육아휴직 기간 동안 연구개발기관이 부담한 보험료등의 비용에 대해서도 개정규정을 적용한다’와 같이 같은 영 시행 당시 육아휴직 중이 아닌 경우에도 적용되도록 그 취지를 명확히 규정하였어야 할 것인바, 같은 영 시행 당시 진행 중인 연구개발과제 수행에 참여하였던 연구자등의 육아휴직이 같은 영 시행 전에 종료된 경우에는 해당 육아휴직 기간 동안 연구개발기관이 부담한 보험료등의 비용은 간접비의 사용용도에 해당하지 않습니다.
따라서 이 사안의 경우, 해당 육아휴직 기간 동안 연구개발기관이 부담한 보험료등의 비용은 간접비의 사용용도에 해당하지 않습니다.
<관계 법령>
국가연구개발혁신법 시행령(2024. 12. 31. 대통령령 제35134호로 일부개정되어 같은 날 시행된 것)
제20조(연구개발비의 사용용도 등) ① 법 제13조제3항에 따른 연구개발비 사용용도는 별표 2와 같다.
② ～ ④ (생 략)
[별표 2]
연구개발비 사용용도(제20조제1항 관련)
1. 직접비 (생 략)
항목
사용용도
가. 인력지원비
1) ～ 3) (생 략)
4) 연구개발과제 수행에 참여하는 연구자 또는 연구지원인력의 「남녀고용평등과 일·가정 양립 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 육아휴직 기간 동안 해당 연구자 또는 연구지원인력에 대하여 연구개발기관이 부담하는 다음의 비용
가) 「고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률」 제13조에 따른 고용보험료 및 산재보험료
나) 「국민건강보험법」 제69조에 따른 보험료
다) 「국민연금법」 제88조에 따른 연금보험료
라) 「근로자퇴직급여 보장법」 제4조제1항에 따른 퇴직급여제도에 따라 연구개발기관이 부담하는 비용
나. ～ 다. (생 략)
2. 간접비

비고
1. ～ 6. (생 략)
대통령령 제35134호 국가연구개발혁신법 시행령 일부개정령 부칙
제2조(연구개발비 사용용도에 관한 적용례) 별표 2 제2호가목4)의 개정규정은 이 영 시행 당시 진행 중인 연구개발과제 수행에 참여하였던 연구자 및 연구지원인력에 대해서도 적용한다.

  법제처의 법령해석은 행정부 내부에서 법령의 집행과 행정의 운영을 위해 통일성 있는 법령해석의 지침을 제시하는 제도로서, 법원의 확정판결과 같은 '법적 기속력'은 없습니다. 따라서 법령 소관 중앙행정기관 등이 구체적인 사실관계 등을 고려해 다르게 집행하는 경우도 있다는 점을 알려드립니다.
  또한 법제처 법령해석은 '법령해석 당시'의 법령을 대상으로 한 것이므로, 법령해석 후 해석대상 법령이 개정되는 등 법령해석과 관련된 법령의 내용이 변경된 경우 종전 법령에 대한 법령해석의 내용이 현행 법령과 맞지 않을 수 있으므로 현행 법령을 참고하시기 바랍니다.
  아울러 「헌법」 제101조에 따라 사법권은 법원에 속하므로 「법제업무 운영규정」 제26조제8항제2호 및 같은 조 제11항제2호에서는 '정립된 판례' 가 있는 경우 법제처가 법령해석을 할 수 없다고 규정하고 있습니다. 따라서 법제처 법령해석과 다른 내용의 법원의 확정판결이 있는 경우 법원의 확정판결을 참고하시기 바랍니다.