「먹는물관리법」에 따른 수질개선부담금을 폐지하고 「지하수법」에 따른 지하수이용부담금에 통합하는 내용으로 「지하수법」을 개정(각주: 2024년 12월 31일 법률 제20626호로 일부개정되어 2025년 1월 1일 시행된 것을 말하며, 이하 “개정 지하수법”이라 함)하면서, 같은 법 제30조의3제1항제2호에서는 시·도지사가 「먹는물관리법」 제9조에 따라 샘물 또는 염지하수의 개발허가를 받은 자 등에게 지하수이용부담금을 부과·징수할 수 있도록 규정하였고, 같은 법 부칙 제2조에서는 같은 법 제30조의3제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 지하수이용부담금을 부과하는 경우부터 적용한다고 규정하는 한편,
개정 지하수법 제30조의3제3항제2호 및 개정 「지하수법 시행령」(각주: 2025. 11. 25. 대통령령 제35865호로 일부개정되어 같은 날 시행된 것을 말하며, 이하 “개정 지하수법 시행령”이라 함) 제40조의3제7항에서는 개정 지하수법 제30조의3제1항제2호에 따른 지하수이용부담금은 상수도 원가 등을 더한 금액의 3배의 범위에서 1세제곱미터당 1,320원으로 한다고 규정하면서, 개정 지하수법 시행령 부칙에 별도의 적용례나 경과조치를 두지 않았는바,
가. 개정 지하수법 시행일부터 개정 지하수법 시행령 시행일 전까지 부과되지 않은 지하수이용부담금(각주: 개정 지하수법 제30조의3제1항제2호에 따른 지하수이용부담금으로 한정하며, 이하 같음)을 개정 지하수법 시행령 시행일 이후에 부과·징수할 수 있는지?
나. (질의 가에서 부과·징수할 수 있는 경우) 2024년 4분기분 지하수이용부담금은 구 「먹는물관리법 시행령」(각주: 2025년 11월 25일 대통령령 제35865호로 타법개정되기 전의 것을 말하며, 이하 “구 먹는물관리법 시행령”이라 함)에 따른 부과금액(1세제곱미터당 2,200원)을 적용해야 하는지, 개정 지하수법 시행령에 따른 부과금액(1세제곱미터당 1,320원)을 적용해야 하는지?

가. 질의 가에 대해
개정 지하수법 시행일부터 개정 지하수법 시행령 시행일 전까지 부과되지 않은 지하수이용부담금을 개정 지하수법 시행령 시행일 이후에 부과·징수할 수 있습니다.
나. 질의 나에 대해
2024년 4분기분 지하수이용부담금의 부과금액은 개정 지하수법 시행령 제40조의3제7항에 따른 부과금액(1세제곱미터당 1,320원)을 적용해야 합니다.

가. 질의 가에 대해
법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 하고, 나아가 그러기 위해서는 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하면서, 법률의 입법 취지와 목적, 그 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 위와 같은 법해석의 요청에 부응하는 타당한 해석을 하여야 할 것입니다(각주: 대법원 2013. 1. 17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결례 참조).
먼저 「지하수법」 제30조의3제1항제2호에서 시·도지사가 샘물 또는 염지하수의 개발허가를 받은 자 등에 대하여 지하수이용부담금을 징수할 수 있도록 규정한 것은 종전의 「먹는물관리법」에 따른 수질개선부담금을 폐지하고 이를 「지하수법」에 따른 지하수이용부담금에 통합하기 위한 것(각주: 2024. 12. 31. 법률 제20626호로 일부개정되어 2025. 1. 1. 시행된 개정 지하수법 개정이유, 2024. 7. 26. 의안번호 제2202301호로 발의된 지하수법 일부개정법률안에 대한 국회 환경노동위원회 검토보고서 참조)인바, 개정 지하수법에 종전의 수질개선부담금을 포함하는 지하수이용부담금의 부과·징수 근거가 마련되어 2025년 1월 1일부터 유효하게 시행 중이고, 같은 법 부칙 제2조에서는 같은 법 시행 이후 지하수이용부담금을 부과하는 경우부터 적용한다고 규정하고 있습니다.
그러므로 개정 지하수법에 따라 법률상 지하수이용부담금 납부 의무가 이미 성립되어 있고, 같은 법 시행 이후의 부과 건에 대해 새로운 법령을 적용하는 것이므로 새로운 부담금을 소급하여 부과·징수하는 것도 아니라는(각주: 대법원 1995. 4. 25. 선고 93누13728 판결례 참조) 점을 고려할 때, 개정 지하수법 시행일부터 개정 지하수법 시행령 시행일 전까지 부과되지 않은 지하수이용부담금을 개정 지하수법 시행령 시행일 이후에 부과·징수할 수 있다고 보는 것이 합리적입니다.
그리고 개정 지하수법 부칙 제2조 외에 개정 지하수법 시행령 등에 지하수이용부담금의 부과와 관련하여 다른 부칙을 두지 않았는데, 이는 개정 지하수법 시행일부터 부담금을 부과할 수 있었다는 것을 전제로 별도의 부칙을 두지 않은 것으로 보는 것이 합리적인바, 개정 지하수법 시행령이 시행되기 전에 부과되지 않은 지하수이용부담금은 개정 지하수법에 따라 부과·징수할 수 있다고 보는 것이 타당합니다.
한편 통합된 지하수이용부담금의 세부적인 산정방법, 부과·징수 방법 등을 정한 개정 지하수법 시행령은 2025년 11월 25일 시행되었는데, 개정 지하수법 시행 이후 지하수이용부담금의 부과·징수에 필요한 사항들이 마련되지 못하고 상당한 기간이 지났으므로, 개정 지하수법 시행령이 시행되기 전에 부과되지 않은 지하수이용부담금을 소급하여 부과·징수하는 것은 부과대상자의 신뢰이익을 침해할 수 있어 타당하지 않다는 의견이 있습니다.
그러나 이미 개정 지하수법에서 지하수이용부담금의 납부의무가 발생했으므로 이를 소급하여 부과하는 것은 아닌 점, 국민의 경제적 부담을 완화하기 위하여 종전의 수질개선부담금 금액보다 더 적은 금액을 지하수이용부담금으로 통합(각주: 2024. 12. 31. 법률 제20626호로 일부개정되어 2025. 1. 1. 시행된 개정 지하수법 개정이유 참조)하여 부과하는 것으로 납부대상자의 신뢰이익을 침해하는 것으로 보기 어려운 점, 종전의 수질개선부담금에 해당하는 지하수이용부담금의 부과대상자에게 부과하지 않은 지하수이용부담금이 부과될 것임을 안내(각주: 기후에너지환경부에서 개정 지하수법의 하위법령이 개정되면 미부과된 지하수이용부담금을 부과할 것을 시·도에 안내하면서 부과대상 업체에 공지하도록 하는 내용의 공문을 시행(2025년 1월, 3월)하였음. )하여 지하수이용부담금이 부과·징수될 것임을 충분히 예측할 수 있었던 점 등을 고려하면, 그러한 의견은 타당하다고 보기 어렵습니다.
따라서 개정 지하수법 시행일부터 개정 지하수법 시행령 시행일 전까지 부과되지 않은 지하수이용부담금을 개정 지하수법 시행령 시행일 이후에 부과·징수할 수 있습니다.
나. 질의 나에 대해
먼저 개정 지하수법 제30조의3제3항제2호에서는 지하수이용부담금의 부과금액을 대통령령으로 위임하면서, 같은 법 부칙 제2조에서 종전의 수질개선부담금에 해당하는 지하수이용부담금의 부과에 대하여 같은 법 시행 이후 지하수이용부담금을 부과하는 경우부터 적용하도록 하였고, 개정 지하수법 시행령 제40조의3제7항에서는 종전의 수질개선부담금에 해당하는 지하수이용부담금의 부과금액을 1세제곱미터당 1,320원으로 규정하면서, 같은 영 부칙 제1조에서 이 영은 공포한 날부터 시행한다고 규정하고 있는바, 개정 지하수법 시행 이후 부과하는 지하수이용부담금의 부과금액은 개정 지하수법 시행령에 따른 부과금액을 적용하는 것이 지하수법령의 문언에 부합하는 해석입니다.
그리고 법령이 개정된 경우에 적용례 또는 경과조치에서 달리 정함이 없는 한 개정 법령의 시행일 이후에는 개정 법령과 그에서 정한 기준에 따르는 것이 원칙인바(각주: 대법원 2001. 10. 12. 선고 2001두274 판결례, 법제처 2025. 3. 7. 회신 24-0913 해석례 참조), 지하수이용부담금의 부과금액과 관련하여 지하수법령에 별도의 적용례나 경과조치를 두지 않았다면 부과 당시의 법령에 따라야 하고, 특히 국민의 경제적 부담을 완화하고 민간 경제활동을 촉진하기 위해 부과 목적과 사용용도가 유사한 여러 부담금을 하나의 부담금으로 통합한 것이 개정 지하수법의 입법취지(각주: 2024. 12. 31. 법률 제20626호로 일부개정되어 2025. 1. 1. 시행된 개정 지하수법 개정이유 참조 )인 점을 고려할 때, 개정 지하수법에 따라 하나의 부담금으로 통합된 지하수이용부담금을 부과하는 시점에 시행하는 지하수법령을 적용하는 것이 타당합니다.
아울러 국민에게 새로운 납세의무나 종전보다 가중된 납세의무를 소급하여 부과하는 것은 금지되나(각주: 대법원 2011. 9. 2. 선고 2008두17363 전원합의체 판결 참조), 이 사안에서 종전 수질개선부담금의 부과금액은 구 먹는물관리법 시행령 제8조제1호다목 및 같은 조 제2호다목에 따라 1세제곱미터당 2,200원이었고, 지하수이용부담금으로 통합된 이후 부과금액은 「지하수법 시행령」 제40조의3제7항에 따라 1세제곱미터당 1,320원인바, 2024년 4분기분의 지하수이용부담금에 대하여 종전보다 낮은 개정 지하수법 시행령에 따른 부과금액을 적용하는 것이 납부대상자에게 유리한 점도 이 사안을 해석할 때 고려할 필요가 있습니다.
따라서 2024년 4분기분 지하수이용부담금의 부과금액은 개정 지하수법 시행령 제40조의3제7항에 따른 부과금액(1세제곱미터당 1,320원)을 적용해야 합니다.
지하수법
제30조의3(지하수이용부담금의 부과·징수) ① 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 지하수의 적정한 개발·이용과 보전·관리 및 먹는물 수질관리에 필요한 재원을 조성하기 위하여 다음 각 호의 구분에 따라 지하수이용부담금을 부과·징수할 수 있다.
1. 제7조에 따라 허가를 받거나 제8조에 따라 신고하고 지하수를 개발·이용하는 자에게 지하수이용부담금을 부과·징수하는 경우: 시장·군수·구청장
2. 「먹는물관리법」 제9조에 따라 샘물 또는 염지하수(이하 “샘물등”이라 한다)의 개발허가를 받은 자, 같은 법 제21조제1항에 따라 먹는샘물 또는 먹는염지하수(이하 “먹는샘물등”이라 한다)의 제조업 허가를 받은 자 및 같은 조 제3항에 따라 먹는샘물등의 수입판매업 등록을 한 자에게 지하수이용부담금을 부과·징수하는 경우: 시·도지사
③ 제1항에 따른 지하수이용부담금은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.
1. (생 략)
2. 제1항제2호에 따른 지하수이용부담금: 「먹는물관리법」 제9조에 따라 샘물등의 개발허가를 받은 자와 같은 법 제21조제1항에 따른 먹는샘물등의 제조업 허가를 받은 자에게는 샘물등의 취수량을 기준으로, 같은 조 제3항에 따른 먹는샘물등의 수입판매업 등록을 한 자에게는 먹는샘물등의 수입량을 기준으로 다음 각 목의 금액을 더한 금액의 3배의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액
가. ∼ 마. (생 략)
④ (생 략)
⑤ 제1항부터 제3항까지에 따른 지하수이용부담금의 세부적인 산정방법, 부과·징수 방법 및 납입절차 등에 관하여 필요한 사항은 다음 각 호의 구분에 따라 정한다.
1. 제1항제1호에 따른 지하수이용부담금: 시·군 또는 자치구의 조례
2. 제1항제2호에 따른 지하수이용부담금: 대통령령
⑥ ∼ ⑨ (생 략)
법률 제20626호 지하수법 일부개정법률 부칙
제1조(시행일) 이 법은 2025년 1월 1일부터 시행한다.
제2조(먹는샘물 등에 대한 지하수이용부담금의 부과에 관한 적용례) 제30조의3제1항제2호의 개정규정은 이 법 시행 이후 지하수이용부담금을 부과하는 경우부터 적용한다.
제3조 ∼ 제5조 (생 략)
지하수법 시행령
제40조의3(지하수이용부담금의 부과대상 등) ① ∼ ⑥ (생 략)
⑦ 법 제30조의3제3항제2호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 1세제곱미터당 1,320원을 말한다.
대통령령 제35865호 지하수법 시행령 일부개정령 부칙
제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다.
제2조 (생 략)
<관계 법령>

  법제처의 법령해석은 행정부 내부에서 법령의 집행과 행정의 운영을 위해 통일성 있는 법령해석의 지침을 제시하는 제도로서, 법원의 확정판결과 같은 '법적 기속력'은 없습니다. 따라서 법령 소관 중앙행정기관 등이 구체적인 사실관계 등을 고려해 다르게 집행하는 경우도 있다는 점을 알려드립니다.
  또한 법제처 법령해석은 '법령해석 당시'의 법령을 대상으로 한 것이므로, 법령해석 후 해석대상 법령이 개정되는 등 법령해석과 관련된 법령의 내용이 변경된 경우 종전 법령에 대한 법령해석의 내용이 현행 법령과 맞지 않을 수 있으므로 현행 법령을 참고하시기 바랍니다.
  아울러 「헌법」 제101조에 따라 사법권은 법원에 속하므로 「법제업무 운영규정」 제26조제8항제2호 및 같은 조 제11항제2호에서는 '정립된 판례' 가 있는 경우 법제처가 법령해석을 할 수 없다고 규정하고 있습니다. 따라서 법제처 법령해석과 다른 내용의 법원의 확정판결이 있는 경우 법원의 확정판결을 참고하시기 바랍니다.